除小的丘狀隆起性增生息肉可定期檢查，嚴密觀察外，一般應行手術治療。
電灼：小的息肉黏膜光滑無惡變傾向者可直接燒灼，帶蒂息肉可在蒂根部置套圈灼切。
套扎：對直徑1cm左右的息肉用套扎器將膠圈置于蒂根部使之逐漸缺血脫落。
手術切除：粗蒂或基底較廣的息肉疑有惡變以及較大的息肉距肛門6～7cm者，可在麻醉下經肛門在息肉根部縫扎并切除，上述方法不能切除者，可經腹或經骶部切除息肉。有條件的醫院還可以采取集內鏡、腹腔鏡和顯微外科三種技術于一身的經肛門內鏡顯微手術（TEM）來切除廣基無蒂的直腸息肉，微創、無皮膚切口，顯露良好、切除精確，可以切除較高部位的直腸息肉，還可以獲取高質量的手術標本。