甲癬為皮膚癬菌病中最頑固難治的一種。可口服、外用藥物，或手術拔甲。手指甲和腳趾甲的生長速度不同，完全替換一個新的指甲，手指甲需要100天，而腳趾甲大約要300天，所以治療灰指甲必須要有耐心。
1.手術拔甲
適于單發的指甲，局麻下，將患甲拔除。這種方法創面大，出血，易引起感染。手術后一般會感覺較疼痛，容易重新感染復發，臨床現已較少使用。心臟病、高血壓、糖尿病等患者，不宜手術治療。
2.內服藥物
適于多個指（趾）甲。如每日口服特比萘芬片250mg，連服6～12周；伊曲康唑400mg/天，連服7天、休息21天為一療程，持續3～6個療程；每周1～2次服氟康唑150mg，連續4月以上。可治愈80%以上的甲癬及甲真菌病。但因為這類藥必須達到真菌所寄生的甲板處才能發揮抗菌作用，用藥量大，用藥時間長，應定期監測藥物不良反應。
3.外用療法
根據藥劑不同，主要局部涂藥和封包削治等方法。
使用指甲銼（非專業人士切忌用刀片，以免出血感染其他疾病）將不規則壞甲磨薄，磨甲周期為2天一次為佳；
30%冰醋酸外涂或10%冰醋酸泡病甲，每日1次，持續3～6個月以上。涂藥前若先將病甲削薄，療效更佳。涂甲之前注意用溫和藥膏保護甲周的皮膚；
選用特比萘芬酊、阿莫羅芬甲搽劑、環吡酮胺酮甲涂劑等抗真菌外用藥局部涂抹。
總之，治療灰指甲要堅持不懈。同時還應積極治療身體其他部位的癬病及慢性全身性疾病，提高自身抵抗力，防治并重，這樣才有可能徹底治愈灰指甲。