環磷酰胺IBD性彌漫性或結節性前鞏膜炎可應用糖皮質激素同時利于UC和CD的病情緩解，但不可用于維持治療。對IBD的治療取決于腸道受累的范圍和程度，必須適當考慮整個臨床情況和疾病的慢性特征進行治療。兩病在治療的許多方面有重疊但一個基本的差別是UC可通過去除結腸或所有的結腸黏膜而得到愈合而CD無法通過手術治愈在手術切除受累的腸段之后，仍有不可預知的復發傾向。
1.藥物治療
水楊酸柳氮磺胺吡啶（SASP）為首選藥物。本藥在腸內經細菌分解為5-氨基水楊酸（5-ASA）與磺胺吡啶，可消除腸道的炎癥。由于5-ASA是SASP的活性部分5-ASA緩釋劑能使藥物在腸道內緩慢釋放，保持腸內有效濃度，效果較好病變限于直腸、乙狀結腸者可用5-ASA1灌腸或5-ASA，肛栓。SASP的副作用有惡心、嘔吐、皮疹、白細胞減少、溶血反應、葉酸缺乏及過敏反應等。IBD患者應用NSAID必須小心，因為在治療關節炎的同時會加劇腸道炎癥。
2.理療和抗炎藥物
類似于強直性脊柱炎的骶髂關節炎通常在腸病之前發生，一般獨立發展，其病程與是否進行直腸結腸切除無相關性。治療IBD并不能阻止關節進行性鈣化和融合的發生，因此，需要單獨的治療（理療和抗炎藥物）。
3.直腸結腸切除術
可緩解許多UC患者的關節炎，但僅對少量的CD關節炎有效。若并發癌變完全性腸梗阻、腸穿孔、瘺管與膿腫形成、頑固性全結腸炎，內科治療無效者應行手術治療。
4.一般治療
包括禁食、經靜脈高營養治療、糾正水電解質平衡紊亂等，貧血者應輸血，低蛋白血癥者補充蛋白質及注意休息。