無癥狀細菌尿患者是否需要治療，仍有爭議，一般認為有下述情況應予治療：
①妊娠期，尤其在妊娠5個月后，因前者可致胎兒牙齒發生棕黃色色素沉著，而后者可發生致死性灰嬰綜合征。復方新諾明在妊娠早期可用，但不能用于妊娠最后3個月。一般應服藥2周，在療程結束后應隨診做尿培養，如有復發很可能是隱匿性腎盂腎炎，此時應按藥敏選藥再服2周，然后進行長程低劑量療法。這些患者于產后10周，應做靜脈腎盂造影。
②學齡前兒童，一般不應用抗菌藥治療，因并不能長久地肅清其菌尿，且治療與否同死亡率無關。尿路有復雜情況的患者，多數會有無癥狀菌尿，一般亦不用抗生素治療，因其不易根治，但如發生有癥狀尿感，則應立即治療。