周期性動眼神經麻痹的治療主要為施行手術矯正其麻痹相的外觀,但無法改變周期性變化。手術包括眼位矯正和上瞼下垂矯正兩部分。眼位矯正多采用麻痹眼的外直肌后徙和內直肌截除術,合并垂直斜視者以減弱高位眼直肌為主,可分次手術或應用眼肌顯微血管分離技術一次矯正。對于上瞼下垂的矯正術多采用額肌懸吊術、提上瞼肌縮短術或Blascovics上瞼下垂手術。