毛細管電泳儀是以彈性石英毛細管為分離通道，以高壓直流電場為驅動力，依據樣品中各組分之間淌度和分配行為上的差異而實現分離的電泳分離分析方法。
所用設備
電源：有0～30kV可調穩壓穩流電源，內徑小于100μm(常用50～75μm)、長度一般為30～100cm的彈性石英毛細管、電極槽、檢測器和進樣裝置。
檢測器有：紫外、可見分光檢測器、激光誘導熒光檢測器和電化學檢測器，其中紫外線檢測器最為常用。
進樣方法有：電動法(電遷移)、壓力法(正壓力、負壓力)和虹吸法。
成套儀器還配有自動沖洗、自動進樣、溫度控制、數據采集和處理等部件。
毛細管電泳儀產生電泳原理：
毛細管電泳所用的石英毛細管柱，在pH值＞3的情況下，其內表面帶負電，與緩沖液接觸時形成雙電層，在高壓電場作用下，形成雙電層一側的緩沖液由于帶正電而向負極方向移動，從而形成電滲流。同時，在緩沖溶液中，帶電粒子在電場作用下，以各自不同速度向其所帶電荷極性相反方向移動，形成電泳。帶電粒子在毛細管緩沖液中的遷移速度等于電泳和電滲流的矢量和。各種粒子由于所帶電荷多少、質量、體積以及形狀不同等因素引起遷移速度不同而實現分離。