肉毒桿菌在自然界廣泛分布，其芽孢又有極強的生命力，食品加工原料存在被污染的風險。現代工業化食品生產中，通常采用溫和的熱處理工藝，雖然足以殺死細菌細胞，但不能殺死芽孢。如果再遇到不正確加工、包裝、儲存等，這種肉眼看不見的小芽孢就會進入密封的罐裝或真空包裝的食品里，發芽繁殖并伴隨致命的肉毒毒素產生，從而給工業化生產食品和家庭自制食品都帶來潛在的安全風險。
傳播途徑主要是經過食物傳播，多見于腌肉、臘肉、豬肉以及制作不良的罐頭食品。根據毒素抗原性不同，肉毒桿菌分為7型，即A、B、C、D、E、F和G型，其中引起人類疾病的是A、B和E型，以A型肉毒桿菌產生的毒素毒性最強。肉毒桿菌發育的最適溫度為25°C~35°C，最適酸堿度為pH6.0~8.2。肉毒桿菌芽孢耐熱性強，在沸水中可生存5~22h，加溫到180°C仍需5~10min才能將其殺死，但肉毒桿菌毒素的耐熱性不強，高溫下即會變性失活。另外，肉毒桿菌芽孢需要在適宜的條件下才能生長、繁殖成肉毒桿菌
雖然該菌嚴格厭氧，產毒需要特定的條件，但肉毒桿菌在肉和魚等食品表面仍能生長繁殖，因為食品表面已提供了足夠的厭氧環境。真空包裝使食品保質期延長，給厭氧肉毒桿菌提供了生長繁殖的時間。特別是那些非蛋白分解的B型及部分E、F型肉毒桿菌在低溫冷藏條件下仍能產生肉毒毒素，而冷藏食品的銷售、儲存溫度通常不超過10C，因此，這類肉毒桿菌給冷藏食品帶來了安全風險。此外，人體的胃腸道是一個良好的缺氧環境，特別是嬰兒胃腸道還未建立起正常的微生物菌群，特別適于肉毒桿菌生長繁殖，因此，肉毒桿菌芽孢又給嬰兒食品帶來一定安全風險。