輸卵管通液的副作用是存在的：如果采取全麻麻醉下進行通液，就很容易出現惡心和嘔吐、困倦、暫時無法小便、喉嚨痛、頭痛等；以及一些較輕微的副作用，如肌肉疼痛、牙齒、假牙使嘴唇、舌頭受傷、暫時性呼吸困難、說話困難以及神經受損；或者并發嚴重的心臟病、中風、嚴重過敏反應、腦部/肺部受損、腎/肝衰竭、永久性神經受損、眼部受傷、喉頭受損和肺炎等。
另外，輸卵管通液雖然是無菌操作，但因為陰道內是有菌環境，若通液后抗炎治療沒有跟上或有性活，就極易發生感染；同時因為通液過程難免會對陰道帶來一些創傷，還可能會帶來腹痛、陰道出血等副作用。
所以，雖然輸卵管通液設備簡單、操作便利、費用低廉，但是鑒于以上這些輸卵管通液的副作用以及隨著醫療科學技術的不斷發展，輸卵管通液已經被很有有條件醫院放棄了，而改用新型的COOK導絲宮腔鏡下輸卵管復通技術。這種技術在電視監控與輸卵管鏡的引導下可以清晰地直視到整個輸卵管治療區域；然后將細如發絲的介入導絲通過同軸導管的引導，經陰道、宮頸部、子宮角插入輸卵管部位，在發生阻塞的具體部位將導絲動作輕柔而緩慢的不斷向前推進，使導絲通過阻塞段后經導管向輸卵管內注入疏通液，進行選擇性輸卵管阻塞性治療，完全在安全無痛的情況下進行，操作簡單，不良反應輕，可達到診斷與治療的雙重目的。