AAD以腹瀉為主要表現，其臨床癥狀可輕可重。輕型患者僅表現解稀便2～3次/d，持續時間短，沒有因腹瀉而發生中毒癥狀，該型屬于Ⅰ度～輕Ⅱ度腸道菌群失調，易被臨床醫師忽視。中等型患者腸道菌群失調在Ⅱ度和Ⅱ度以上，臨床腹瀉次數較多，可以合并腸道機會菌感染（如變形桿菌、假單胞菌、非傷寒沙門菌等），大便可出現紅、白細胞，值得注意的是該型易被診斷為感染性腹瀉而不斷使用大劑量廣譜抗生素，其結果導致抗生素與腹瀉形成惡性循環，病情發展。
重型患者指在嚴重腸道菌群紊亂基礎上往往繼發有特殊條件致病菌感染（如難辨梭狀芽胞桿菌、金黃色葡萄球菌、白色念珠菌等），其臨床癥狀重，常腹瀉水樣便10～20次/d，假膜性腸炎（PMC）大便中可見漂浮的假膜，可伴發熱、腹部不適、里急后重。少數極其嚴重者（如爆發性結腸炎）除有腹瀉外還可發生脫水、電解質紊亂、低蛋白質血癥或敗血癥等，甚至出現中毒性巨結腸而表現高熱、惡心嘔吐及腸鳴音減弱，胃腸功能衰竭，此時腹瀉可能停止，也可能發生腸穿孔。