進入二十世紀以來，各大合成儀制造公司相繼推出了升級產品和新產品，如Protein Technologies公司推出Tribute雙通道多肽合成儀，將“短信通知”功能融入產品，增添了用戶與設備之間的緊密感，更加人性化；C S Bio公司對其從研發型到生產型設備的UV Online Monitor系統配置統一升級，用戶可直觀看到每一部氨基酸偶聯反應的狀態并可根據數據調整出最佳合成效果與工藝；而Intavis則進一步將UV監測功能提升，可以在整個多肽合成反應中不間斷監測多肽反應液的UV吸收信號，同時其軟件可以根據儀器監測到的信號自動優化氨基酸脫保護及交聯和清洗步驟的參數，極大的提升了合成難度高的多肽合成率；Advanced ChemTech公司自2005年破產重組后分裂為兩家新公司，其中Aapptec延續了其前身的生產步驟，推出Focus XC三通道合成儀。美國另一家公司CEM以蛋白質有機反應設備的制造著稱，推出了微波多肽合成儀同樣可以合成簡單的小分子多肽。其采用微波加熱方式，大大提高了反應速度，將反應的速率增加到之前多肽合成儀的幾倍甚至十幾倍。可惜的是在加熱的情況下副反應也相應增多，多肽純度不能與之前的第三代甚至第二代產品媲美。另外，微波加熱方法無法放大，故不適合用作多肽藥物的研發。