在某些需能反應中，如蛋白質生物合成的起始和延伸，不能使用ADP和ATP，而要GDP和GTP參與反應。鳥苷-3′,5′-磷酸也是一個細胞信號分子，在某些情況下，cGMP與cAMP是一對相互制約的化合物，兩者一起調節細胞內許多重要反應。鳥苷-3′-二磷酸-5′-二磷酸 (ppGpp）和鳥苷-3′-二磷酸-5′-三磷酸（pppGpp）則與基因表達的調控有關。
