NF-κB家族成員與逆轉錄病毒癌蛋白v-Rel有結構上的同源性，因此將他們歸類為NF-κB/Rel蛋白。在哺乳動物中該家族有5種蛋白，分別為:RelA(p65)，RelB，c-Rel，NF-κB1(p50)和NF-κB2(p52)。它們的N端有著高度保守Rel同源區(Rel homology region，RHR)，RHR由N端結構域(N-terminal domain，NTD)和C端結構域(C-terminal domain，CTD)連接而成，在CTD上有一個核定位區域(nuclear-localization sequence, NLS)，負責與DNA結合、二聚體化和核易位。RelA(p65)、c-Rel和RelB的C端存在反式激活結構域(transactivation domain，TD)使得其激活目標基因。p50和p52只有RHR而缺乏TD，因此，p50和p52同源二聚體并不能激活基因轉錄，而是作為一種抑制分子存在，它們在細胞內通常各自以其前體p105和p100的形式存在。