1.可出現發熱和皮疹，嚴重者引起皮膚壞死（Lyell綜合征）。
2.呼吸系統：呼吸系統的不良反應不多見。有纖維性肺泡炎的報道，但應與潰瘍性結腸炎的癥狀如發熱、呼吸困難、嗜酸粒細胞增多、肺浸潤相區別。這類不良反應一般出現在服藥后1～6個月內，停藥后即可恢復，但也有死亡報道。對這類患者可用偶氮水楊酰水楊酸類代替。
3.血液系統：柳氮磺吡啶最需引起注意的不良反應是對造血系統的抑制。（1）可發生血小板減少癥（嚴重者可引起出血傾向）和白細胞減少癥（嚴重者可發生感染）；（2）柳氮磺吡啶亦可使葉酸吸收減少，引起巨幼紅細胞貧血癥；（3）對于缺乏6-磷酸葡萄糖脫氫酶的患者，血細胞溶解的傾向比較嚴重；（4）也有由于造血系統的損傷致死的報道。
4.消化系統：常見惡心、嘔吐、腹部不適，也可出現咽痛、吞咽困難，罕見的胰腺炎、中毒性肝炎及結腸炎加重。對于慢乙酰化代謝的患者，消化系統不良反應的發生率較高。
5.生殖系統：柳氮磺吡啶可引起男性精子數減少、活動能力下降、畸形比例增高，致使生育力下降或不育。
6.精神神經系統：對某些異常過敏的患者，服用柳氮磺吡啶可能出現精神神經癥狀。有報道可出現嚴重抑郁。
7.泌尿系統：柳氮磺吡啶所含的磺胺吡吡啶吸收后可引起排尿困難、結晶尿和血尿。
8.耐藥性：有研究發現柳氮磺吡啶能誘發細菌的耐藥性。
9.其他：罕見甲狀腺腫大。