人類感染柯薩奇病毒易引起皰疹性咽峽炎和非麻痹性類脊髓灰質炎等改變。臨床表現復雜多樣，有無菌性腦膜炎、腦炎、心肌炎、心包炎、流行性胸肌痛、皰疹性咽峽炎等，有的病情類似脊髓灰質炎。
感染后人會出現發熱、打噴嚏、咳嗽等感冒癥狀。妊娠期感染可引起非麻痹性脊髓灰質炎性病變，并致胎兒宮內感染和致畸。柯薩奇病毒可以引起腦膜炎和輕度麻痹、胸膜痛、肋間痛、 Herpangina、呼吸性疾病、結膜炎以及手足口綜合征。手足口病患者中許多與柯薩奇A組病毒16感染有關，是手足口病暴發傳染的重要病因。其它柯薩奇組病毒如CoxA4、CoxA5、CoxA9和CoxA10及CoxB5也可以引起手足口病。
（1）柯薩奇病毒A型感染
柯薩奇病毒A型感染兒童多見，成人感染占21.7%。潛伏期1~3天，出現上呼吸道感染，起病急，流涕、咳嗽、咽痛、發熱，全身不適。典型癥狀為皰疹性咽峽炎，即在鼻咽部、會厭、舌和軟腭部出現小皰疹，粘膜紅腫，淋巴濾泡增生、滲出，扁桃體腫大，伴吞咽困難，食欲下降。據調查伴有口咽部皰疹和皮疹的急性熱病中，79%為柯薩克A型病毒所致。
臨床表現除上述外，主要特點為急性發熱、皮疹，腦膜腦炎伴有 Guillain-Barré綜合征和急性病毒性心肌病。皮疹可為皰疹和斑丘疹，主要分布于軀干外周側、背部、四肢背面，呈離心性分布，尤以面部、手指、足趾、背部皮疹多見，故稱手、足、口三聯癥。
（2）柯薩奇病毒B型感染
引起特征性傳染性胸肋痛病。可合并腦膜腦炎、心肌炎、發熱、Guillain-Ba-rré綜合征、肝炎、溶血性貧血和肺炎。
腦炎及脊髓炎
發熱，頭痛，嘔吐，肌痛，1-2天出現腦膜刺激征。腦脊液細胞數（0.1-0.2）×109/L，少數>×109/L；病初中性粒細胞占優勢，其后淋巴細胞比例增高，糖及氯化物正常，蛋白略高。部分病人有暫時性肌力減退。發生癱瘓者甚少，恢復較快。少數病人有意識障礙，與乙腦相似。
心肌炎、心包炎
心肌炎常發生在新生兒，多于生后一周內發病，起病急，發熱、上呼吸道感染癥狀、納差、稀便，繼而出現呼吸困難、唇紫紺、面蒼白、心動過速等，重者很快出現心衰。近年來發現成人及年長兒童也不少見。常先有呼吸道癥狀，心包可同時受累，亦可累及心內膜，繼之心前區痛，出現心包摩擦音，半數有肌肉、關節痛。X線顯心包積液，常伴左側胸腔積液，心電圖示心律失常、傳導阻滯及心包炎。
流行性肌痛或胸痛
陣發性劇烈肌痛，可累及全身肌肉。成人及年長兒童多有胸痛，常在季肋部，可牽涉肩背；嬰幼兒腹痛較常見，多在上腹，亦偶有誤診為闌尾炎者。此外，尚有發熱、咽痛、頭痛、厭食、吐瀉等。
皰疹性咽峽炎
發熱，咽痛，咽部出現灰白色皰疹，破潰形成表淺潰瘍，少數可見于外陰，亦可有頭痛、惡心、嘔吐、腹痛等。另一種為兒童急性淋巴小結性咽炎，咽部出現灰白或淡黃色小結，不形成皰疹及潰瘍。
呼吸道感染
以上呼吸道感染最常見，也可引起喉炎、氣管炎、支氣管炎及毛細支氣管炎和肺炎。
嬰兒腹瀉
黃綠色稀水便，一日數次，無膿及粘液。
出疹性熱病
發熱，出疹，有斑疹、斑丘疹、蕁麻疹、皰疹、淤點等。不癢，不脫屑。少數病例于手、足皮膚及口腔粘膜出現皰疹。亦稱手足口病。
新生兒全身感染
急驟起病，拒食，嘔吐，驚厥，呼吸困難，紫紺，心律失常，心及肝臟可急劇腫大。死亡率極高。尸檢可見腦炎、心肌炎、肝炎、胰腺炎及腎上腺病變等。