這是最早在原核基因的激活蛋白和阻抑物中發現的。迄今已經在百種以上原核細胞和真核生物中發現這種最簡單、最普遍的DNA結合蛋白的結構模式。這種蛋白與DNA結合時,形成對稱的同型二聚體（symmetric homodimer）結構模式。構成同型二聚體的每個單體由20個氨基酸的小肽組成α螺旋-轉角-α螺旋結構,兩個α螺旋相互連接構成β轉角,其中羧基端的α螺旋為識別螺旋（recognition helix）,負責識別DNA大溝的特異堿基信息,另一個α螺旋沒有堿基特異性,與DNA磷酸戊糖鏈骨架接觸。這種蛋白在與DNA特異結合時,以二聚體形式發揮作用,結合靠蛋白質的氨基酸側鏈與特異堿基對之間形成氫鍵。