所有果膠酶結構都包括一個由七到九個平行β-螺旋組成的棱柱形右手圓柱體。產生該結構棱柱形狀的三個平行β螺旋被稱為PB1、PB2和PB3,PB1和PB2產生反平行的β,PB3與PB2垂直。各種酯酶、水解酶和裂合酶的所有底物結合位點都位于結構上的突出環和PB1之間的中央平行β-螺旋結構的外部裂縫上。