果膠酶通過水解、反式消除和去酯化反應過程解聚果膠，分解將果膠中的羧基和甲基結合在一起的酯鍵。
內聚半乳糖醛酸酶通過以下途徑的反應進行：
1,4-α-D-半乳糖醛酸)n+m+H2O=(1,4-α-D-半乳糖醛酸)n+(1,4-α-D-半乳糖醛酸)m
