甘氨酸 (Glycine, Gly)：是分子量最小的氨基酸，因其側鏈僅為一個氫原子，從而使得其在蛋白質結構中具有極大的靈活性。
丙氨酸 (Alanine, Ala)：具有較小的疏水性側鏈，使其能夠在蛋白質內部穩定存在。
纈氨酸 (Valine, Val)：是一個分支鏈氨基酸，其較大的疏水性側鏈使其在蛋白質折疊中起到關鍵作用。
亮氨酸 (Leucine, Leu)：也是一個分支鏈氨基酸，對于蛋白質的三級結構和穩定性至關重要。
異亮氨酸 (Isoleucine, Ile)：第三個分支鏈氨基酸，其疏水性側鏈在蛋白質內核中的作用顯著。
苯丙氨酸 (Phenylalanine, Phe)：含有一個苯環，對紫外光有吸收作用，參與蛋白質的芳香性相互作用。
色氨酸 (Tryptophan, Trp)：同樣含有一個芳香環，對紫外光有強烈吸收，也是神經遞質血清素的前體。
酪氨酸 (Tyrosine, Tyr)：含有酚羥基，可參與氫鍵形成，同樣對紫外光有吸收。
天冬酰胺 (Asparagine, Asn)：是天冬氨酸的酰胺形式，增加了蛋白質的氫鍵網絡。
谷氨酰胺 (Glutamine, Gln)：是谷氨酸的酰胺形式，常參與氫鍵的形成，穩定蛋白質結構。
蘇氨酸 (Threonine, Thr)：帶有一個羥基，為蛋白質提供潛在的氫鍵。
絲氨酸 (Serine, Ser)：同樣帶有羥基，常參與形成蛋白質的氫鍵網絡。
半胱氨酸 (Cysteine, Cys)：含有一個巰基，可以形成二硫鍵，對維持蛋白質的三維結構極為重要。
蛋氨酸 (Methionine, Met)：在起始蛋白質翻譯過程中起到關鍵作用，其硫醚基團也具有一定的反應性。
天冬氨酸 (Aspartic acid, Asp)：是一種酸性氨基酸，帶有負電荷，參與形成蛋白質的電荷網絡。
谷氨酸 (Glutamic acid, Glu)：也是一種酸性氨基酸，與金屬離子的配位和其他氨基酸的相互作用中起重要作用。
賴氨酸 (Lysine, Lys)：是一種堿性氨基酸，帶有正電荷，常在蛋白質的表面發現。
精氨酸 (Arginine, Arg)：是另一種堿性氨基酸，其胍基團在氫鍵形成和電荷相互作用中起重要作用。
組氨酸 (Histidine, His)：具有弱堿性的咪唑環，對金屬離子的結合特別重要。
脯氨酸 (Proline, Pro)：結構上與眾不同，由于其特殊的吡咯環結構，對蛋白質的二級結構如α-螺旋和β-折疊具有重要影響。