本病常隱匿起病，從出現臨床癥狀至就診的平均時間為2～3年。患者的臨床表現常較輕，乏力、低熱、淋巴結腫大等非特異性癥狀常見。一些較大規模的臨床調查發現，最常出現的癥狀為關節腫痛、雷諾現象和皮膚黏膜損害，而重要臟器，如腎臟和中樞神經系統等受累者少見。在隨訪過程中發現，患者的臨床癥狀可隨病程及治療而波動，多呈逐漸緩解趨勢，但總體而言病情活動度變化不大。
1.皮膚病變
相當常見，而且疹型的表現多樣，部分患者以皮疹為首發癥狀。
（1）盤狀紅斑比在SLE患者中更為常見。表現為身體暴露部位的高于皮面的紅色丘疹，以頭頸部最常見。皮疹大小不等，形態不一，表面多有鱗屑，愈合后遺留瘢痕，局部皮膚萎縮。
（2）顴部紅斑發生率約為10%，為面頰部紅色斑丘疹，可呈典型蝴蝶樣分布，也可形狀不規則，好轉后多不留瘢痕。
（3）光過敏的發生率在13%～24%之間。約有18%的患者出現口干及眼干。
（4）黏膜潰瘍較SLE發生率低，均在3%～13%。雙手可有彌漫腫脹及皮下結節。
2.關節及肌肉病變
此病變較為常見。患者可出現關節痛或關節炎表現，多為非侵襲性多關節炎，很少有發生關節破壞致畸形者。其可累及全身各大小關節，包括指間關節、跖趾關節、下頜關節等，但以大關節炎更為常見。可伴有晨僵，但多半時間較短。關節滑液檢查多提示為炎性滲出液，細胞數少，蛋白含量高時可呈黃色，細菌培養為陰性。
肌肉受累多見，多表現為四肢近端肌群的肌痛和肌無力。
3.血管炎雷諾現象
是UCTD最常見的臨床表現之一，見于約50%的患者，并可能作為惟一的臨床癥狀持續多年。表現為發作性肢端蒼白、青紫和潮紅，伴局部疼痛或麻木，發作前多有受涼或情緒激動等誘因，數分鐘或數十分鐘后逐漸緩解，小動脈痙攣是其病理基礎。長期頻繁發作者可出現局部軟組織萎縮壞死等營養不良表現，嚴重者出現肢端骨吸收。
4.肺及心臟病變
漿膜炎最為常見，但發生率較SLE稍低，可表現為胸腔積液、心包積液或兩者同時出現。病情輕重程度不等，輕癥者可無明顯臨床表現，嚴重者甚至可出現心臟壓塞，漿膜腔穿刺檢查常提示為漏出液，抗核抗體可呈陽性。
其他肺部表現還有肺間質纖維化和間質性肺炎等，如內源性類脂性肺炎。肺間質纖維化多起病隱匿，表現為進行性呼吸困難。
心臟病變可累及心臟全層，包括心包炎、心肌炎和心內膜炎等。臨床有胸悶、心悸、呼吸困難等癥狀。
5.血液系統病變
約20%的患者有此病變，可表現為白細胞計數、血小板減少及貧血，以白細胞計數中度降低和非溶血性貧血最為常見。約7%的患者出現血小板減少，且可相當嚴重。個別病例有明顯出血傾向，甚至造成死亡。溶血性貧血少見，多為慢性病性貧血和缺鐵性貧血。全血細胞減少也可見。
6.腎損害
發生率在11%左右，伴盤狀紅斑及ANA陰性的患者較為少見。臨床表現可有水腫、高血壓、蛋白尿、血尿和血清肌酐水平升高等，但很少有造成嚴重腎功能不全者。
7.神經系統損害少見
可表現為偏頭痛、抽搐行為異常和幻覺等精神病癥狀，也可出現器質性神經系統疾病表現，如外周神經炎、頭痛、偏盲、感覺和活動障礙等。