經典方法，國際和國內標準齊全
儀器試劑成本較低
PCR產物可以回收后做其他分子生物學實驗
普通PCR的缺點
容易污染
操作繁瑣
只能定性分析
敏感性中等
存在非特異性擴增，當非特異條帶與目的條帶大小一樣時無法區分基于毛細管電泳的PCR。
針對普通PCR的缺點，一些廠家推出了基于毛細管電泳原理的儀器，將PCR擴增后電泳的步驟在毛細管中完成，靈敏度更高，可以區分幾個堿基的差異并且通過MAERKER可以計算出擴增產物的含量。缺陷是仍然需要將PCR產物打開后放入儀器，仍然存在很大的污染風險。
