1.感染所致圍生期和新生兒肝炎
必須仔細區分肝內感染性膽汁淤積和遺傳性，代謝性原因(先天異常)，因為其臨床表現十分相似，應及時進行有關半乳糖血癥，先天性果糖不耐受和酪氨酸血癥的檢查，因為可實行特殊的飲食療法，還應該考慮α1-抗胰蛋白酶缺乏，囊性纖維增生癥和新生兒鐵儲存異常性疾病，當考慮Alagille或Zellweger綜合征時，特殊的體格特點有助于診斷，除非膽管自發性穿孔，肝外性膽汁淤積患兒一般表現尚可；大便通常完全白色，肝臟增大且硬，組織學所見見表1，早產兒，低于胎齡兒多考慮為嬰兒肝炎。
2.肝內或肝外膽汁淤積。
3.“膽汁濃縮綜合征”
這種情況是由于一些溶血性疾病(Rh，ABO)的新生兒和一些接受全靜脈營養的嬰兒，其膽汁積聚在小膽管或中等大小的膽管中，同樣機制可引起膽總管的固有阻塞，在Rh血型不合時的缺氧-再灌注損傷也可引起膽汁淤積，嚴重溶血時，膽汁淤積可以是完全性的，伴有白便，膽紅素水平可高達40mg/dl(684μmol/L)，主要呈直接反應，如果膽汁濃縮發生在肝外膽管，與膽管閉鎖的鑒別比較困難，可行利膽劑(考來烯胺，苯巴比妥，熊果酸脫氧膽酸)試驗治療，一旦大便顏色轉為正常或99mTc-DIDA掃描見到膽汁排泄到十二指腸，則可確定肝外膽管是開放的，在大便顏色轉為正常期間，有時父母訴說在患兒糞便中發現小的膽汁色的栓子，盡管大多數病例需在2～6個月時間內緩慢恢復，對于持續2周以上的完全性膽汁淤積仍需要進行進一步的檢查(超聲，DIDA掃描，肝活檢)，可能時行剖腹探查肝外膽管，必要時行膽總管沖洗以去除梗阻的濃縮膽汁物質。
當懷疑是特發性新生兒肝炎時(沒有感染的，代謝的和中毒的原因)，應證實膽管存在而不是肝外的“外科性”疾病，這方面DIDA掃描和超聲波檢查可能有助于診斷，有人在DIDA掃描時用了腸線試驗，證明膽道無閉鎖，肝的活組織檢查所見常具有診斷意義，特別是對6～8周以上的嬰兒，然而，活組織檢查可能對4周以下的嬰兒產生誤導，若沒能檢查出膽管樹的開放時，肝活組織檢查無診斷此病的典型所見時，或是持續性完全膽汁淤積(白便)者，提示需要有經驗的外科醫生做小型剖腹探查術及手術中的膽管造影術，偶爾顯示出小的但未閉合的肝外膽管樹(發育不全)，它很可能是膽汁流減少的結果，而非原因，不必再重建發育不全的膽管。
4.肝外膽管閉鎖
膽道閉鎖與嬰兒特發肝炎臨床區分有時較困難，但卻很重要，嬰兒肝炎誤認為膽道閉鎖而行麻醉，手術，無疑會對病兒造成傷害；而膽道閉鎖在生后2個月以內手術治療，成功率可達80%左右，3個月后才手術者，多數失敗，至今沒有一種實驗室檢查能完全將膽道閉鎖與嬰兒肝炎純然分開，診斷有賴于對病史，體檢及實驗室檢查進行綜合分析，有時尚須進行動態觀察，例如本病女多于男，肝炎則相反，伴有多發性畸形者，本病可能性很大，早產兒，低于胎齡兒多考慮為嬰兒肝炎，如糞便色很黃或綠色，則可除外本病，肝炎及代謝異常，新生兒早期肝脾腫大，而本病早期肝大較輕，以后才進行性增大，且常涉及肝臟左右兩葉；數周后多數病兒脾才逐漸增大，動態觀察血膽紅素對鑒別也有一定幫助，如逐漸下降，應考慮為肝炎，嬰兒肝炎時血甲胎蛋白明顯增高，而膽道閉鎖時血堿性磷酸酶，5-核苷酸酶及低密度脂蛋白(lipoprotein X，LP-X)增高顯著，雖兩者有少數重疊，B超檢查時如發現膽囊缺如或發育不良，應考慮為本病，兩者區分困難時，可采用十二指腸引流液測定，核素檢查，肝臟活檢等，正確率可達95%左右。
在病程早期用苯巴比妥治療[3～5mg/(kg·d)，5～7天]以后進行的DIDA分泌研究可以區分膽汁淤積是肝內或肝外性的，雖然膽管閉鎖時有持續性的血清γ-谷氨酸轉肽酶或堿性磷酸酶水平升高，以及長期凝血酶原時間延長，但這些改變在嚴重的新生兒肝炎，α1-抗胰蛋白酶缺乏癥及膽管缺乏時也曾報道過，此外，這些試驗不能區分肝外系統的阻塞部位，通常，膽管閉鎖時轉氨酶只能輕度增高，血清蛋白及凝血因子在病初不會受影響，常規X線胸透可以顯示多脾綜合征的畸形，膽管系統的超聲檢查可用于確定膽總管囊腫是否存在。
診斷的主要問題在于這種病難于與新生兒肝炎，膽管缺如，膽總管囊腫或原有的膽道阻塞(結石，膽栓)之間區分，雖然自發性肝外膽管穿孔導致黃疸及白便，嬰兒常常由于膽汁性腹水引起的化學性腹膜炎而癥狀很重，卻沒發現肝大。
如果在出生60天以前不能排除膽管閉鎖，則需要外科檢查，剖腹探查術應包括肝的活組織檢查，如果膽囊存在，還要做膽管造影，在膽囊中有黃色膽汁，說明肝外膽管系統近端無閉鎖，放射線攝影術看到在十二指腸中的造影劑，就可以排除遠端肝外膽管有阻塞。