新生兒肝炎綜合征的診斷比較困難。孕婦乙型肝炎表面抗原（HBsAg）陽性所生嬰兒，在生后半年內有20%～50%成為HBsAg攜帶者，但多數無癥狀。乙型肝炎病毒母嬰傳播以通過產道時感染嬰兒的機會遠較宮內時多。中國醫科大學附屬二院在80例嬰兒綜合征進行尿病毒分離及部分血清IgM抗體測定中證實12例為巨細胞病毒肝炎。新疆自治區醫院在16例新生兒肝炎中，半數由尿脫落細胞找到巨細胞包涵體。由新生兒敗血癥引起的黃疸，血培養可陽性。此外尚有原因不明的新生兒黃疸病例。
本病與新生兒先天性膽管閉鎖有時很難鑒別。但若把新生兒肝炎誤認為膽管閉鎖而作手術，可使病情惡化。有關這兩個病的鑒別診斷見下文膽管閉鎖節。