新生兒與嬰幼兒及兒童相比，通常有較衛生的護理，母乳喂養也可保護新生兒。然而，在衛生條件較差的地區或貧窮和擁擠的家庭中，更經常地發生腹瀉。醫院內也可有暴發流行，特別在擁擠的嬰兒室，糞口傳播幾乎為最常見的途徑。大多數新生兒感染是通過被污染的產道時或由父母，同胞及醫護人員的雙手而傳播，其他少見的原因有污染物或污染的奶制品。
