雖然以色列的新冠疫苗接種率在全世界處于領先地位（已有超過80%的成年人接種了疫苗），但最近一段時間，以色列疫情似有卷土重來的跡象，新冠病毒Delta 變異株的病例急劇增加。據以色列耶路撒冷希伯來大學的報告，15歲以上的新增病例中有90%是已經完成疫苗接種的人。7月23日，以媒稱輝瑞疫苗阻止Delta變異株傳播的效力僅有39%，但仍可預防重癥。
同時，美國各地的新冠病例也有所增加，類似的，也是相當一部分的確診病例是已經完成疫苗接種的人，通常被稱作突破性病例。截至 7 月 17 日，馬薩諸塞州統計有 5,166 例突破性病例。其中，272人住院并存活；有 80 人去世，其中23 人沒有住院而死亡；57 人在住院后死亡。馬薩諸塞州的居民完全接種了疫苗有4,344836 名，占所有居民的63%。
很多醫生認為，疫情反復的最大原因是Delta 變異株的傳染性是原始毒株的兩倍。
圖1：新聞報道美國馬薩諸塞州新增感染人數增加[1]
個人認為，這一波疫情反復可能有以下4個原因：
變異株的傳染力增強了。
疫苗的有效率隨著時間減弱了。
疫苗對變異株的有效性減弱了。
接種了疫苗的人更容易大意，不注重基本防護。
今年2月初，我曾對當時已經出現的新冠病毒變異株做了一次梳理（詳見《新冠病毒變異株大梳理：變異必將繼續，人類何去何從？| 117三人行》）。自那以后，又出現幾個新的變異株。5月31日，世界衛生組織采用了一個新的系統來命名新冠病毒變異株。
在更改命名之前，這些變異株除了有科學界常用的字母+數字名稱，還通常用首次發現它們的國家/地區來提及。例如，首先在英國發現的 B.1.1.7 通常被稱為“英國變異株”，而 B.1.351 被稱為“南非變異株”，較新的 B.1.617.2 則被稱為“印度變異株”。
新的命名系統使用希臘字母，而不是民間常用的國家名稱，也不用科學界常用的“字母+數字”模式。這樣做，可以避免給這些國家帶來污名，另外，希臘字母更易于發音，適合普通大眾的討論，可以避免 “字母+數字”難記的壞處。同時，科學家們將繼續使用“字母+數字”的命名系統。
命名系統避免污名化，并不是多此一舉。
Delta 變異株在印度被發現，并在世界很多國家迅速傳播開后，印度政府要求社交媒體平臺刪除有關“印度變異株”的內容。世衛組織擔心，如果延用舊的命名方式，各國可能會因為顧慮新的變異株要用自己國家的名字來命名，而不愿意報告新變異株。
殘酷的事實是：只要新冠病例一天不清零，就會有新的變異株出現。
新的變異株出現以后，科學家們會努力去了解清楚它們的特征，例如：
是否更容易傳播？
是否會導致更嚴重的疾病？
當前可用的病毒測試方法是否能檢測到？
對目前的新冠藥物反應如何？
以及，目前被批準使用的疫苗對它們的防疫能力有沒有減弱？
研究表明，到目前為止，新冠病毒有幾個在刺突蛋白上的突變特別麻煩。帶有這些突變的新冠病毒變異株所引起的病例，可能會讓特定的單克隆抗體療法變得不那么有效。這些突變包括：
L452R突變。在好幾個變異株中有。
E484K 突變。在好幾個變異株中有。
K417N、E484K 和 N501Y 突變組合。Beta (B.1.351)變異株中存在。
K417T、E484K 和 N501Y 突變組合。Gamma (P.1) 變異株中存在。
目前幾個主要的新冠病毒變異株的特性可以用下面這張表格概括：
*引用文章尚未經過同行評審。
我們經常聽到Delta 變異株更容易傳播的消息，但Delta變異株到底和原來的新冠病毒有什么不同呢？最近一篇新研究進一步分析了這個變異株[23]。
一個病毒傳染力增強的原因可能有幾種：
從宿主身上脫落得更多。
傳染期加長，有更長的時間能從宿主身體脫落去感染別人。
傳染性增加，能更好地感染宿主細胞，與細胞表面的受體更好的結合。
在環境中的穩定性增加，更耐濕熱等。
研究者調查了中國大陸首次本地傳播的Delta變異株感染，采集的167個病例均可追溯到同一個病例源頭。流行病學數據分析顯示：
暴露于病毒中后，感染 Delta 變異株的人更快地檢測出陽性，這表明Delta 變異株在體內增長更快；
感染 Delta 變異株的人在首次檢測時，病毒載量比感染2020年原始毒株的人高出 1000 倍。
這表明，與初始毒株相比，Delta變異株的潛伏期縮短了，而且感染者排出（散播）的病毒是過去的1000倍，這會大大增加密切接觸者感染的幾率。同時，潛伏期縮短也意味著感染Delta變異株后的人能更快具有傳染性，就有更多機會感染其他人。也就是說，病毒傳播更為高效了。
通過追蹤病毒的傳播路徑并做系統發育分析，這份研究還發現，在這167個病例中，Delta變異株的傳播途徑有直接接觸和間接傳播，后者最有可能是通過氣溶膠，而非污染物。換言之，Delta變異株的主要傳播途徑仍然是直接接觸和氣溶膠間接傳播，而不是坊間傳說的“更容易在空氣中傳播”。
圖2. 實線表示高度置信的直接接觸傳播，虛線表示可能為間接傳播[23]。
因此，Delta變異株傳播率增加的原因主要有二：病毒量更多，傳染速度更快。但傳播方式沒有變化。
現有疫苗對Delta變異株的有效性究竟如何，不同國家的研究結論也不完全相同。
最近有一項發表在《新英格蘭醫學雜志》上的研究，基于英國的現實世界數據，證實了英國公共衛生部在 5 月份發表的疫苗功效數據。這項研究發現，在英國，兩劑輝瑞新冠疫苗接種完成后，預防 Delta 變異株引起的有癥狀病例的有效率為 88%，而對 Alpha 變異株的有效率為 93.7%。兩針牛津-阿斯利康疫苗對 Delta 變異株的有效率為 67%，對 Alpha 變異株的有效率為 74.5%[24]。
而一項來自以色列的小規模研究的初步數據表明，最近幾周，輝瑞疫苗預防新冠感染的效果有所下降。根據以色列衛生部的數據，在 6 月 20 日至 7 月 17 日期間 (具體人數尚未公布)，Delta 變異株在以色列新冠病例中占主導地位，輝瑞疫苗兩次接種完成后，在降低感染風險方面的有效率為 39%，降低有癥狀病例的有效率為 40%， 降低住院病例的有效率為 88%，降低重癥風險的有效率為91% [25]。
以色列和英國的情況有兩點值得考慮：
第一，以色列開始大規模接種的時間較早，疫苗的保護作用可能已經開始下降了。
第二，在英國，輝瑞疫苗兩針的間隔是8周以上，而以色列是傳統的3周間隔。
英國最初在 2020 年底將輝瑞新冠疫苗兩針之間的間隔延長至 12 周。隨著疫苗在英國的覆蓋率提高，現在這一間隔已縮短到8周。一篇未經同行評審的預印本文章調研了 503 名 英國國家健康機構 (NHS) 工作人員打完輝瑞新冠疫苗以后的免疫反應[26]。這些工作人員在 2020 年底和 2021 年初以不同的時間間隔接受了兩次注射，當時Alpha 變異株正在英國迅速傳播。第二針的1個月后，研究人員測量了這503人血液中的抗體水平。
研究結果表明：
輝瑞疫苗兩針間隔時間無論短還是長，總體上都產生了強烈的免疫反應。
3周疫苗間隔產生的中和抗體比與10 周間隔少。
第一針以后，雖然抗體水平有所下降，但 T 細胞（細胞免疫）的水平仍然很高。
更長的間隔時間雖然導致總T 細胞較少，但其中一個特定的類型，被稱為輔助 T 細胞，比例更高。而這種細胞是支持免疫記憶的關鍵。
這項研究的首席研究員 Susanna Dunachie 教授說，輝瑞疫苗兩針比一針好，但兩針間隔的時間可以根據情況靈活安排。對于英國目前的情況，她認為8周間隔是最佳時間。
這類對數據的密切觀察分析雖然是在以色列、英國和世界其他國家和地區進行的，但是對別的國家的公共衛生政策有著重要的意義。例如，是否、什么時候需要打第三針加強針？需不需要恢復社交隔離？等等問題，都可以借鑒這些國家和地區的數據來做決定。
現有的新冠疫苗是針對還沒有這些變異的病毒株研發的。雖然有研究表明現有的新冠疫苗對某些變異株的效力降低了，但這些疫苗似乎仍能預防感染以后的重癥。確切的結論還需要進一步的研究，疫苗制造商也在開發針對這些變異株的新疫苗。
參考文獻
[1] https://www.nbcboston.com/news/local/more-than-5100-breakthrough-covid-cases-reported-in-mass-at-least-80-have-died/2435719/.
[2] Davies, N.G., et al., Estimated transmissibility and impact of SARS-CoV-2 lineage B.1.1.7 in England. Science, 2021. 372(6538).
[3] https://depts.washington.edu/pandemicalliance/2021/01/25/nervtag-note-on-b-1-1-7-severity/.
[4] https://www.fda.gov/media/145802/download.
[5] Wang, P., et al., Antibody resistance of SARS-CoV-2 variants B.1.351 and B.1.1.7. Nature, 2021. 593(7857): p. 130-135.
[6] Shen, X., et al., SARS-CoV-2 variant B.1.1.7 is susceptible to neutralizing antibodies elicited by ancestral spike vaccines. Cell Host & Microbe, 2021. 29(4): p. 529-539.e3.
[7] Edara, V.V., et al., Infection and mRNA-1273 vaccine antibodies neutralize SARS-CoV-2 UK variant. 2021: p. 2021.02.02.21250799.
[8] Collier, D.A., et al., Sensitivity of SARS-CoV-2 B.1.1.7 to mRNA vaccine-elicited antibodies. Nature, 2021. 593(7857): p. 136-141.
[9] Wu, K., et al., mRNA-1273 vaccine induces neutralizing antibodies against spike mutants from global SARS-CoV-2 variants. 2021: p. 2021.01.25.427948.
[10] https://papers.ssrn.com/sol3/papers.cfm?abstract_id=3779160.
[11] https://cmmid.github.io/topics/covid19/reports/sa-novel-variant/2021_01_11_Transmissibility_and_severity_of_501Y_V2_in_SA.pdf.
[12] https://www.fda.gov/media/145611/download.
[13] Madhi, S.A., et al., Safety and efficacy of the ChAdOx1 nCoV-19 (AZD1222) Covid-19 vaccine against the B.1.351 variant in South Africa. 2021: p. 2021.02.10.21251247.
[14] https://ir.novavax.com/press-releases.
[15] https://www.jnj.com/johnson-johnson-covid-19-vaccine-authorized-by-u-s-fda-for-emergency-usefirst-single-shot-vaccine-in-fight-against-global-pandemic.
[16] Wang, P., et al., Increased Resistance of SARS-CoV-2 Variant P.1 to Antibody Neutralization. 2021: p. 2021.03.01.433466.
[17] Deng, X., et al., Transmission, infectivity, and antibody neutralization of an emerging SARS-CoV-2 variant in California carrying a L452R spike protein mutation. 2021: p. 2021.03.07.21252647.
[18] https://khub.net/documents/135939561/405676950/Increased+Household+Transmission+of+COVID-19+Cases+-+national+case+study.pdf/7f7764fb-ecb0-da31-77b3-b1a8ef7be9aa.
[19] Jangra, S., et al., SARS-CoV-2 spike E484K mutation reduces antibody neutralisation. The Lancet Microbe, 2021. 2(7): p. e283-e284.
[20] Annavajhala, M.K., et al., A Novel and Expanding SARS-CoV-2 Variant, B.1.526, Identified in New York. 2021: p. 2021.02.23.21252259.
[21] Greaney, A.J., et al., Comprehensive mapping of mutations in the SARS-CoV-2 receptor-binding domain that affect recognition by polyclonal human plasma antibodies. Cell Host & Microbe, 2021. 29(3): p. 463-476.e6.
[22] Garcia-Beltran, W.F., et al., Multiple SARS-CoV-2 variants escape neutralization by vaccine-induced humoral immunity. Cell, 2021. 184(9): p. 2372-2383.e9.
[23] https://virological.org/t/viral-infection-and-transmission-in-a-large-well-traced-outbreak-caused-by-the-delta-sars-cov-2-variant/724.
[24] Lopez Bernal, J., et al., Effectiveness of Covid-19 Vaccines against the B.1.617.2 (Delta) Variant. 2021.
[25] https://www.cnbc.com/2021/07/23/delta-variant-pfizer-covid-vaccine-39percent-effective-in-israel-prevents-severe-illness.html.
[26] https://www.pitch-study.org/PITCH_Dosing_Interval_23072021.pdf.