潛伏期10天左右，其長短與感染菌量有關，食物型暴發流行可短至48小時，而水源性暴發流行時間可長達30天。
典型傷寒
典型的傷寒自然病程為時約4周，可分為4期：
（一）初期 相當于病程第1周，起病大多緩慢（75%～90%），發熱是最早出現的癥狀，常伴有全身不適，乏力，食欲減退，咽痛與咳嗽等。病情逐漸加重，本溫呈階梯形上升，于5～7天內達39～40℃，發熱前可有畏寒而少寒戰，退熱時出汗不顯著。
（二）極期 相當于病程第2～3周，常有傷寒的典型表現，有助于診斷。
1.高熱 高熱持續不退，多數（50%～75%）呈稽留熱型，少數呈弛張熱型或不規則熱型，持續約10～14天。
2.消化系統癥狀 食欲不振較前更為明顯，舌尖與舌緣的舌質紅，苔厚膩（即所謂傷寒舌），腹部不適，腹脹，多有便秘，少數則以腹瀉為主。由于腸道病多在回腸末段與回盲部，右下腹可有輕度壓痛。
3.神經系統癥狀 與疾病的嚴重程度成正比，是由于傷寒桿菌內毒素作用中樞神經系統所致。患者精神恍惚，表情淡漠，呆滯，反應遲鈍，聽力減退，重者可有譫妄，昏迷或出現腦膜刺激征（虛性腦膜炎）。此等神經系統癥狀多隨體溫下降至逐漸恢復。 4.循環系統癥狀 常有相對緩脈（20%～73%）或有時出現重脈是本病的臨床特征之一，但并發中毒性心肌炎時，相對緩脈不明顯。
5.脾腫大 病程第6天開始，在左季肋下常可觸及腺腫大（60%～80%），質軟或伴壓痛。少數患者肝臟亦可腫大（30%～40%），質軟或伴壓痛，重者出現黃疸，肝功能有明顯異常者，提示中毒性肝炎存在。
6.皮疹 病程7～13天，部分患者（20%～40%）的皮膚出現淡紅色小斑丘疹（玫瑰疹），直徑約2～4mm，壓之退色，為數在12個以下，分批出現，主要分布于胸，腹，也可見于背部及四肢，多在2～4天內消失。水晶形汗疹（或稱白痱）也不少見，多發生于出汗較多者。
（三）緩解期 相當于病程第3～4周，人體對傷寒桿菌的抵抗力逐漸增強，體溫出現波動并開始下降，食欲逐漸好轉，腹脹逐漸消失，脾腫開始回縮。但本期內有發生腸出血或腸穿孔的危險，需特別提高警惕。
（四）恢復期 相當于病程第4周末開始。體溫恢復正常，食欲好轉，一般在1個月左右完全恢復健康。
其它臨床類型
除上述典型傷寒外，根據發病年齡，人體免疫狀態，致病菌的毒力與數量，病程初期不規則應用抗菌藥物以及有無加雜癥等因素，傷寒又可分為下列各種類型。 （一）輕型 全身毒血癥狀輕，病程短，1～2周內痊愈。多見于發病前曾接受傷寒菌苗注射或發病初期已應用過有效抗菌藥物治療者，在兒童病例中亦非少見。由于病情輕，癥狀不典型，易致漏診或誤診。
暴發型傷寒
起病急，毒血癥狀嚴重，有畏寒，高熱，腹痛，腹瀉，中毒性腦病，心肌炎，肝炎，腸麻痹，休克等表現。常有顯著皮疹，也可并發DIC。
遷延型傷寒
起病與典型傷寒相似，由于人體免疫功能低下，發熱持續不退，可達45～60天之久。伴有慢性血吸蟲病的傷寒患者常屬此型。
傷寒合并血吸蟲病時，起病多急，發熱常為弛張型或間歇型，肝脾腫大較著，嗜酸粒細胞在發熱期及極期顯著減少或消失，熱退后回升，常超過正常值，熱程可遷延1～2月。
小兒傷寒
一般年齡越大，臨床表現越似于成人，年齡越小，癥狀越不典型。
學齡期兒童癥狀與成人相似，但多屬輕型。常急性起病，有持續發熱，食欲不振，腹痛，便秘，表情淡漠，嗜睡，煩躁鼻衄，舌苔厚，腹脹及肝脾腫大等，而緩脈及玫瑰疹少見，白細胞計數常不減少。病程較短，有時僅2～3周即自然痊愈。由于腸道病變輕，故腸出血，腸穿孔等并發癥也較少。
嬰幼兒傷寒常不典型，病程亦輕重。起病急，伴有嘔吐，驚厥，不規則高熱，脈快，腹脹，腹瀉等。玫瑰疹少見，白細胞計數常增多，并發支氣管炎或肺炎頗為常見。
老年傷寒
體溫多不高，癥狀多不典型，虛弱現象明顯；易并發支氣管肺炎與心功能不全，常有持續的腸功能紊亂和記憶力減退，病程遷延，恢復不易，病死率較高。
復發與再燃：癥狀消失后1～2周，臨床表現與初次發作相似，血培養陽轉為復發，復發的癥狀較輕，病程較短，與膽囊或網狀內皮系統中潛伏的病菌大量繁殖，再度侵入血循環有關；療程不足，機體抵抗力低下時易見。偶可復發2～3次。再燃是指病程中，體溫于逐漸下降的過程中又重升高，5～7天后方正常，血培養常陽性，機理與初發相似。