其發病機制有人認為遺傳易感者，再通過外源因素使腸黏膜損傷，致敏腸道淋巴組織，導致免疫調節和反饋失常，形成自身免疫反應，而出現慢性、持續的炎癥性反應。參與炎癥反應的細胞成分有巨噬細胞、肥大細胞、中性粒細胞、嗜酸細胞、T和B淋巴細胞、ADCC及NK細胞。參與炎癥反應的細胞因子和炎性介質有γ-干擾素、白細胞介素、腫瘤壞死因子、血小板激活因子（plateletactivatingfactor，PAF）、前列腺素樣物質（prostaglandin）、白三烯（leukotrienes）、血栓素、組胺、5-羥色胺、神經多肽、血管活性肽、P物質、氧自由基等。精神與感染可能為誘發因素。病變多在降結腸，由直腸、乙狀結腸向上發展，重者累及全結腸，偶呈節段性。病變主要集中在黏膜層或黏膜下層，黏膜充血、水腫、變脆觸之易出血，常有密集細小的潰瘍，肉眼觀察呈磨砂玻璃樣，并可形成沿腸縱軸的橢圓淺表潰瘍，有的融成較大不規則潰瘍，黏膜面覆有膿血黏液。