感染性ATIN主要見于急性腎盂腎炎，也可由血源性感染引起。最常見的病因是細菌，真菌、病毒和原蟲感染。近來由于吸毒造成的HIV感染和在男性生殖器官的藥物濫用而引起的感染性急性小管間質性腎炎也逐漸增多。感染性ATIN的病因主要有：
1.細菌 大腸埃希桿菌、副大腸桿菌、變形桿菌、分枝桿菌、葡萄球菌、克雷白桿菌、產氣桿菌、產堿桿菌、銅綠假單胞菌、糞鏈球菌。
2.螺旋體 鉤端螺旋體。
3.真菌 組織胞質菌。
4.立克次體。
5.病毒 巨細胞病毒、漢灘病毒、腺病毒、腸道病毒。
