實驗室檢查：
1.血液檢查
(1)血培養：是確診本病的主要依據，而且還可以隨訪菌血癥是否持續。在抗生素應用之前應做好血培養，有75%～85%患者血培養陽性，也是診斷本病的最直接的證據。取靜脈血10～20ml，最好在高熱寒戰時采血，且多次采血培養以提高陽性率。同時應作厭氧菌培養，至少保留觀察2 周。15%～20%感染性心內膜炎血培養陰性，尤其是隱球菌、念珠菌性感染性心內膜炎和長時間感染性心內膜炎應用抗生素后。若靜脈血培養陰性，必要時可采用動脈血、骨髓或栓子培養。也可根據病情發展及治療反應作出診斷。
(2)一般化驗檢查：紅細胞和血紅蛋白降低，后者大都在6%～10g%。偶可有溶血現象。血白細胞增高或正常，分類中可有單核細胞增多，血沉增快，血清γ球蛋白增高，IgG、IgM 增高，補體降低，類風濕因子陽性。急性感染性心內膜炎患者血常規檢查常見血白細胞明顯增多，中性粒細胞核左移，可有中毒顆粒,有時可見到左移。此外，可出現進行性貧血。血培養易獲陽性致病菌，且多為化膿性細菌。
(3)血清免疫學檢查 亞急性感染性心內膜炎病程長達6 周者，50%類風濕因子呈陽性，經抗生素治療后，其效價可迅速下降。有時可出現高γ 球蛋白血癥或低補體血癥，常見于并發腎小球腎炎的患者，其下降水平常與腎功能不良保持一致。約有90%患者的循環免疫復合物CIC 陽性，且常在100μg/ml 以上，比無心內膜炎的敗血癥患者高，具有鑒別診斷的價值，血培養陰性者尤然。但要注意系統性紅斑狼瘡、乙型肝炎表面抗原陽性患者及其他免疫性疾病中CIC 血清水平也可大于100μg/ml。其他檢查尚有真菌感染時的沉淀抗體測定、凝集素反應和補體結合試驗。金黃色葡萄球菌的胞壁酸抗體測定等。
2.尿液分析 半數以上患者可出現蛋白尿和鏡下血尿或肉眼血尿，紅細胞呈多形型，少部分可有紅細胞管型，輕度蛋白尿，但膿尿或管型尿也偶有發生，有的尿常規也可正常。當腎功能衰竭時則出現相應的變化，血尿素氮和肌酐輕度增高，但也可發生嚴重或進行性腎功能衰竭。
輔助檢查：
1.腎活檢病理檢查 急性者僅見中性粒性白細胞、單核細胞浸潤，內皮和系膜細胞增殖，而亞急性心內膜炎患者的腎小球呈現彌漫性損害，上皮下、內皮下、基膜內及系膜區均可見IgG、IgM 和C3 的沉積，毛細血管內外細胞增生，并可見腎小球硬化。
2.心電圖 對無并發癥的感染性心內膜炎無診斷價值，但當出現不完全或完全性房室或束支傳導阻滯或室性期前收縮時，提示高位或低位室間隔膿腫或心肌炎。心電圖示心肌梗死或心臟阻滯者預后差。新近出現心臟傳導阻滯提示膿腫或動脈瘤形成，常需手術。
3.超聲心動圖 對診斷感染性心內膜炎及其某些心內并發癥具有重要的價值。近來發展的經食管二維超聲心動圖顯著地優于經胸壁二維超聲心動圖。能檢出更小的直徑在1～1.5mm 的贅生物。不受機械瓣造成的回聲的影響，更適用于肺氣腫、肥胖、胸廓畸形。大大地提高了診斷率。還能探測瓣膜破壞的程度或穿孔，腱索的斷裂，連枷的二尖瓣或叁尖瓣，感染性的主動脈瘤和因感染的主動脈瓣反流引起二尖瓣前葉心室面內膜損害所致的二尖瓣瘤，以及各種化膿性心內并發癥，發主動脈根部或瓣環膿腫、室間隔膿腫、心肌膿腫、化膿性心包炎等。并有助于判定原來的心臟病變，對瓣膜反流的嚴重程度和左室功能的評估，可作為判斷預后和確定是否需要手術的參考。
4.心導管檢查和心血管造影 對抗菌治療反應佳且無心力衰竭患者通常不需要該檢查。但在內科治療無效而考慮手術時，則心導管檢查和心血管造影可提供重要的資料，例如解剖異常包括瓣膜損害、先天性缺損、冠狀動脈病變、主動脈縮窄或真菌性動脈瘤等。同時尚可測定心排量、左右心壓力和二尖瓣或主動脈瓣反流程度，以決定擇時行瓣膜置換術。有人通過心導管在瓣膜的近、遠端取血標本，測定細菌計數的差別，認為可確定本病感染的部位。但心導管檢查和心血管造影可能使贅生物脫落引起栓塞，或引起嚴重的心律失常，加重心力衰竭，須慎重考慮，嚴格掌握適應證。
5.放射性核素67Ga(稼)心臟掃描 對心內膜炎的炎癥部位和心肌膿腫的診斷有幫助，但需72h 后才能顯示陽性，且敏感性、特異性明顯差于二維超聲心動圖，且有較多的假陰性，故臨床應用價值不大。
6.影像學檢查
(1)胸部X 線檢查 僅對并發癥如心力衰竭、肺梗死的診斷有幫助，當置換人造瓣膜患者發現瓣膜有異常搖動或移位時，提示可能合并感染性心內膜炎。
(2)計算機化X 線斷層顯像(CT)或螺旋CT 對懷疑有較大的主動脈瓣周膿腫時有一定的診斷作用。但人造瓣膜的假影及心臟的搏動影響了其對瓣膜形態的估價，且依賴于造影劑和有限的橫斷面使其臨床應用受限。
(3)磁共振顯像(MRI) 因不受人造瓣膜假影的影響，當二維超聲心動圖不能除外主動脈根部膿腫時，可起輔助作用，然而費用較貴。