目前尚無針對JC病毒的特異性抗病毒藥物或治療方法。有關西多福韋及阿糖胞苷的療效尚有諸多爭議,甲氟唆在體外也有抗病毒能力,且能透過血一腦屏障,部分病例治療有效。對合并HIV感染的患者,高效抗逆轉錄病毒療法為最佳選擇,可穩定50%~60%患者的病情。