有學者實驗發現：將絞碎的原料浸入殺菌的水中，放入發酵罐中，接種5%的種液，30℃振蕩培養，利用微生物產生的酶作用可使果膠從植物組織中游離出來。這種酶能選擇性分解植物組織中的復合多糖體，從而可有效地提取出植物組織中的果膠，其作用一定時間后，過濾培養液，得到果膠提取液。對培養微生物的培養基并無特別要求，普通酵母培養基都能使用，一般使用添加酵母抽提物、蛋白胨、葡萄糖、半乳糖的培養基及添加微量磷酸鹽和鎂鹽即可。日本在這種方法上已申請了ZL。
另有研究，研究出一種利用微生物發酵從中國蜜桔皮中萃取果膠的方法，不用對原料進行處理，避免了過濾麻煩。實際上微生物法和酶法提取果膠原理相似，都用酶將果膠從植物組織中提取出來。從發展潛力來看，微生物法具有廣闊的前景。