水體產毒藻種主要為藍藻，如微囊藻、魚腥藻和束絲藻等。微囊藻可產生肝毒素，導致腹瀉、嘔吐、肝腎等器官的損壞，并有促瘤致癌作用。魚腥藻和束絲藻可產生神經毒素，損害神經系統，引起驚厥、口舌麻木、呼吸困難甚至呼吸衰竭。
目前，淡水藻類產生的毒素可分為多肽毒素、生物堿毒素和其他毒素三類。微囊藻毒素是環狀的七氨酸結構，其中含有五種不變的氨基酸，微囊藻毒素是一種極性分子，其中微囊藻毒素-LR是最常見的一種。
