等電聚焦電泳色譜儀是利用蛋白質分子或其它兩性分子的等電點不同，在一個穩定、連續和線性的pH梯度中進行分離。等電聚焦是在電泳介質中放入載體兩性電解質，當通以直流電時，載體兩性電解質形成一個由陽極到陰極逐步增加的pH梯度，不同的蛋白質移動到其相當的等電點位置上，聚焦于一個狹窄區帶中的過程。
一、影響等電聚焦電泳分離容量的因素：
1、聚焦后每一區帶的蛋白質的量取決于密度梯度所能支持的蛋白質，提高密度可提高分離容量。
2、分離容量與區帶寬度的平方成正比，降低電壓可使區帶變寬，提高容量，但分辨率會降低，聚焦時間長。用窄的pH梯度范圍可使區帶變寬，提高分辨率。
3、分離容量與柱的橫載面成正比。
二、注意事項：
1、大量提純蛋白質，應預先初步提純。有些物質（如核酸）聚焦時會沉淀，應預先除去。
2、蛋白質應不含鹽。因鹽濃度高，電流大，易發熱，而且鹽離子遷移到兩極會產生酸堿，占據分離的有效部位。