（1）尿液收集要新鮮，放置時間不宜超過1小時，否則細菌大增，出現假陽性。
（2）膀胱內尿液停留時間短（不到6小時），或飲水太多，稀釋了尿中細菌，影響了結果的正確性。
（3）中段尿收集不合標準，外陰消毒對尿培養影響很大，消毒液過多而混入尿標本，抑制了細菌生長，出現假陰性結果。
（4）尿培養前曾使用抗菌藥物，可出現假陰性。
（5）尿路感染的排菌可呈間歇性，如慢性腎盂腎炎沒有急性癥狀時，尿培養可為陰性，但在其急性發作時，尿培養則常為陽性。
（6）接種技術上的錯誤，也可影響結果。
（7）血源性急性腎盂腎炎、腎實質內小膿腫形成，慢性腎盂腎炎粘膜病變趨向痊愈，而腎實質病變依然存在；或尿路梗阻并存感染灶和尿路不相通，則尿中細菌往往呈陰性。
（8）菌種不同，對菌落計數有影響。