有研究表明，長期施肥會顯著影響土壤細菌。稻田土壤是"迷失碳"的重要吸納場所之一，也是溫室氣體（CH4和N2O等）的重要排放源。大氣溫室氣體的動態變化與土壤碳氮轉化的微生物過程緊密相關。以湖南桃江國家級稻田肥力變化長期定位試驗點為平臺。采用PCR-克隆測序和實時熒光定量PCR技術。研究不施肥（CK）、施氮磷鉀肥（NPK）和氮磷鉀肥+秸稈還田（NPKS）3種長期施肥制度（>25 a）對稻田土壤細菌和古菌群落結構及數量的影響。細菌和古菌16S rRNA基因文庫分析結果表明：稻田土壤細菌主要類群為變形菌、酸桿菌、綠彎菌，而古菌主要為泉古菌和廣古菌，長期施肥導致土壤細菌和古菌種群結構產生明顯差異；與CK相比，NPK和NPKS處理稻田土壤的變形菌、酸桿菌和泉古菌相對豐度增加。LIBSHUFF軟件分析結果也表明，16S rRNA基因文庫在CK、NPK及NPKS處理間存在顯著差異.3種施肥處理的稻田土壤細菌16S rRNA基因拷貝數為每克干土0.58×1010~1.06×1010個，古菌為每克干土1.16×106~1.72×106個。施肥（NPK和NPKS）后，細菌和古菌的多樣性和數量增加，且NPKS>NPK。說明長期施肥顯著影響土壤細菌和古菌群落結構、多樣性及數量。