布魯克USHUPO最新發布：單細胞與免疫肽組學鑒定+15％

—— 4D-組學技術再升級，拓寬生物學研究視野

　　A.最新預告：timsTOF Ultra 2搭載新型Athena離子處理器(Athena Ion Processor, AIP)

　　-單細胞蛋白質組學（SCP）中蛋白鑒定進一步提升15%-20%，多肽提升20%-25%

　　-免疫肽組學分析中，免疫肽鑒定數目提高15%-20%

　　B.推出DeutEx 軟件用于氫-氘交換（HDX-MS）數據分析

　　C.OmniScape? 2025b: 突破性蛋白質測序軟件

　　D.布魯克ProteoScape? 和 Glycoproteomics功能更新

　　E.基于云端和人工智能驅動的蛋白質組學數據質量監測軟件TwinScape?最新進展

　　2025年2月24日美國賓夕法尼亞州費城——布魯克公司（納斯達克股票代碼：BRKR）在第21屆美國人類蛋白質組學會議（US HUPO 2025）上，發布了4D-蛋白質組技術在性能、軟件和應用方面的重大進展，以實現更深入的生物學分析。

　　A. 搭載全新AIP功能的timsTOF Ultra 2：顯著提高單細胞蛋白質組學和免疫肽組學分析深度（持續更新中）

　　搭載新型 AIP功能的timsTOF Ultra 2 質譜儀可實現從碰撞池到飛行時間分析器正交加速區的高效離子轉移。當上樣量為250pg（相當單個人源細胞理論蛋白當量），AIP-on可以實現蛋白鑒定進一步提升超過15%，多肽提升超過20%，從而獲得更高的序列覆蓋度。在免疫肽組學分析中也看到了相同程度的提升。

圖1: 250 pg  K562 細胞樣本在開啟AIP功能后肽段鑒定提升大于20% ，實現行業領先的序列覆蓋度（Spectronaut 19.6不依賴譜圖庫檢索結果，無需“MBR”）

　　布魯克預計將在ASMS 2025大會上正式推出帶有全新AIP功能的timsTOF Ultra 2 質譜儀，同時支持對現有timsTOF Ultra 2 進行現場升級。

　　B. DeutEx：用于氫-氘交換(HDX)數據分析的全新軟件

　　DeutEx是由捷克科學院 Petr Novák 開發的用于氫-氘交換質譜（HDX -MS）分析的全新軟件，現已集成到布魯克蛋白質組學生態系統中，支持timsTOF、 MRMS和MALDI-TOF質譜儀的數據分析。捷克科學院布拉格微生物研究所結構生物學與細胞信號傳導部門負責人Petr Novák博士表示：“我們很高興布魯克將DeutEx整合用于氫-氘交換質譜（HDX-MS）分析。在布魯克的支持和進一步發展下，DeutEx將廣泛用于對蛋白質及其復合物的結構和動態特性研究，為生物制藥研究和結構生物學提供獨特視野。”

圖2:  DeutEx 用于氫-氘交換數據分析流程

　　C. OmniScape 2025b 軟件：進一步推動蛋白質序列分析的蛋白質組學研究

　　全新的 OmniScape 2025b 版本對de novo測序性能提升了10倍，能夠檢測蛋白質截斷變異，并提供可靠全面的序列注釋。同時支持來自不同 MSn(MS2 和 MS3) 的序列圖譜，現在還包括 MALDI T3 測序圖譜。

圖3：Neoflex^TM 和MALDI TOF/TOF 采集得到的牛碳酸酐酶MALDI-ISD 譜圖利用OmniScape^TM合并分析的結果

　　法國巴黎巴斯德研究所的Julia Chamot-Rooke 教授表示：“OmniScape?是我實驗室中用于分析top-down蛋白質圖譜最先進的軟件。” 

　　佛羅里達州邁阿密佛羅里達國際大學的Francisco Alberto Fernandez-Lima教授補充道：“我們的實驗室廣泛利用OmniScape對timsTOF和FT-ICR MS儀器的ExD和UVPD數據集進行de novo和基于蛋白質序列分析的蛋白質翻譯后修飾序列驗證。與其他方法不同的是，OmniScape頁面友好，并允許對蛋白構型進行交互式片段確認，包括可變區氨基酸水平的PTMs、質量軸內部校準和用于數據庫查詢的MS-BLAST搜索。”

　　D.進一步提升ProteoScape性能及糖蛋白分析能力

　　布魯克ProteoScape?2025c中Spectronaut^?和GlycoScape?軟件進一步更新。Spectronaut 19.6版本帶來了進一步的性能提升，改進了定量缺失值填補和PTM構象計算的問題。GlycoScape 2025c版本現在支持自定義糖基化修飾類型，包括單糖結構單元和標記的糖型。結合自動化的糖蛋白組學工作流程，使得自動化的高通量糖分析成為可能，并將鑒定的糖肽數量提高了6-10倍，從而支持在timsTOF系統上利用GlycoScape?軟件實時數據分析功能實現大規模糖型的全面分析。

　　加利福尼亞州舊金山Rezo Therapeutics公司的蛋白組學主管Christopher Adams博士評論道：“我們的timsTOF HT已經與ProteoScape平臺同步運行，新版本的功能和速度給我留下了深刻的印象。”

　　E.基于云端、人工智能的蛋白質組學數據質量監測軟件—TwinScape

　　TwinScape是一款獨特的基于云端的人工智能軟件，目前正在幫助數百個客戶對系統進行質量監測，包括nanoElute^? 液相和timsTOF系列質譜儀。

　　德國法蘭克福馬克斯·普朗克生物物理學與腦研究所質譜實驗室負責人Julian Langer博士分享了他的經驗：“TwinScape已成為我們基于HeLa/iRT的質量控制流程的重要補充，并成為我們常規質量控制檢查的一部分。TwinScape提供的深度信息和持續監控顯著提高了我們的工作效率，不僅使我們能夠在潛在問題升級之前解決問題，而且還實現了主動的客戶支持。”

　　關于布魯克公司——后基因組時代的新興領導者

　　布魯克（納斯達克：BRKR）致力于幫助科學家在后基因組領域取得突破性發現，并開發新的應用，從而提高人類的生活質量。布魯克的高性能科學儀器和高價值分析和診斷解決方案使科學家能夠在分子、細胞和微觀層面探索生命和材料。通過與客戶的密切合作，布魯克在后基因組生命科學分子和細胞生物學研究、應用和制藥應用、顯微鏡和納米分析以及工業應用方面實現了創新，提高了生產力，幫助客戶取得成功。布魯克在臨床成像、臨床表型組學研究、蛋白質組學和多組學、空間和單細胞生物學、功能結構和凝聚態生物學，以及臨床微生物學和分子診斷領域提供差異化的高價值生命科學和診斷系統和解決方案。欲了解更多信息，請訪問www.bruker.com。