布魯克宣布將推進4D蛋白質組學和全新timsTOFPro?工作流程

　　在EuPA 2019大會上，布魯克公司發布的timsTOF Pro具有以下新功能：

　　1、具有出色的肽和蛋白質ID定量分析能力的DIA-PASEF技術。

　　2、timsTOF Pro能夠完成生物制藥中完整蛋白質分析的新工作流程。

　　3、下一代4D代謝組學的新工作流程，利用timsTOF Pro常規、精確的測定大規模碰撞截面（CCS）。

　　德國POTSDAM，2019年3月25日  -在歐洲蛋白質組學協會第十三屆年會（www.eupa.org）上，布魯克宣布timsTOF Pro質譜在超高靈敏度、高通量4D蛋白質組學研究上取得的進一步進展。此外，完整蛋白質分析和新一代4D代謝組學工作流程，也都可以非常靈活的在timsTOF Pro質譜平臺上使用。

　　timsTOF Pro在檢測速度、靈敏度和穩定性方面的非凡進步引起了蛋白質組學領域的極大興趣。目前為止，所有的工作都是使用數據依賴分析(DDA)和創新的并行累積串聯碎片(PASEF)方法完成的，PASEF方法是與德國馬普生物化學研究所Matthias Mann教授合作開發的。

　　在使用ddaPASEF分析方法中，根據所獲得的“遷移質量熱圖”，實時為MS/MS選擇單個多電荷肽段。即便使用timsTOF Pro，采用大于100Hz的MS/MS掃描速度，也并不代表所有的肽段都可以成為靶點。由于樣本間數據的生物學差異，同一肽段可能在所有的檢測中存在靶向性，導致了在蛋白質組學定量時出現“缺失值問題”。

　　數據獨立分析(DIA)方法是一種使用寬選擇窗口來分割大部分肽段的替代方法，而不是在DDA中選擇單個肽段。多年來，布魯克一直在與Matthias Mann教授的實驗室合作開發用于蛋白質組學的timsTOF Pro。最近，他們與瑞士蘇黎世聯邦理工學院的Ruedi Aebersold教授、Ben Collins博士以及多倫多大學的Hannes Roestes教授合作開發了一種基于timsTOF Pro的新型DIA技術，命名為diaPASEF。timsTOF Pro的高通量和靈敏度已被證明可以提高DIA庫生成效率、提供更好的結果，并有望在DIA實驗中實現更全面的蛋白質組覆蓋。

　　Matthias Mannn教授說:“timsTOF Pro提供了非常高的MS/MS檢測速度、動態范圍和額外的第四維度分離的離子遷移率。timsTOF Pro獨有的雙TIMS幾何結構，讓我們在使用PASEF方法操作時，timsTOF Pro能夠實現高效的離子化，具有接近100％的離子利用率，以實現超高的靈敏度。離子遷移率分離提供精確和高重現性的碰撞截面(CCS)值，允許在數據處理和分析軟件中進行額外的尺寸校準和特征匹配。具有Open Swath分析軟件和新diaPASEF方法的下一代DIA方法，提供了具有較好生物樣品蛋白質覆蓋率和良好定量性能。我們對diaPASEF方法感到非常興奮，期待著與布魯克繼續合作。”

　　布魯克生命科學質譜部執行副總裁Rohan Thakur博士進一步評論:“無論是ddaPASEF還是diaPASEF工作流程，都代表了timsTOF Pro在穩定性、超高靈敏度和高通量定量蛋白質組學方面取得的重大進展。其獨特的4D nanoLC-TIMS-MS-MS分析功能具有超高的靈敏度和速度，這歸因于它具有雙TIMS技術和突破性PASEF方法相結合的獨特的時間聚焦優勢。除此之外，我們最近證明，在完全相同的質譜儀上適當的使用LC分離，timsTOF Pro也是生物醫藥領域優秀的完整蛋白質分析系統。

diaPASEF方法分離效果 圖片由Matthias Mann教授和Florian Meier博士提供。

　　Thakur博士繼續說：“除了4D蛋白質組學，我們現在還引入了新的4D工作流程，會給下一代脂質組學和代謝組學帶來革命性的變化。對于測量的每種已知和未知化合物，這兩種表型組學方法都極大地受益于額外的、大規模和準確的CCS信息。我們很高興Jeremy Nicholson教授在世界級的Murdoch University表型組學實驗中心和澳大利亞國家現象學中心，運用timsTOF Pro平臺進一步探索和開發新的4D表型組學方法。”

　　在HUPO 2018會議上，布魯克推出了搭載MetaboScape軟件的timsTOF Pro，用于4D脂質組學。這種結合，使運用了帶有CCSPredict?算法的檢測方法對大多數類脂類進行分子特異性和精確的碰撞截面預測成為可能。

　　EuPA2019上發布的timsTOF Pro全新功能，是繼三周前US HUPO 上發布的又一次全新突破。 US HUPO上布魯克發布了timsTOF Pro功能如下：

　　1、高通量臨床血漿蛋白質組學研究：使用Evosep One HPLC系統11.5分鐘短梯度運行，每個血漿樣本僅需100 ng，2天內能夠測量192例膿毒性休克患者的微量血漿樣本。

　　2、增強蛋白質組學數據完整性：MaxQuant與大規模碰撞截面積（CCS）值的匹配運行，可顯著提高肽和蛋白質數據的完整性。

　　3、生物制劑的宿主細胞蛋白（HCP）分析：Protein Metrics為生物制藥公司的Byonic 4D數據庫搜索引擎添加了大規模、準確的CCS信息。

關于PASEF模式下的timsTOF Pro

　　timsTOF Pro捕集離子淌度（TIMS）質譜，其獨有的PASEF采集模式，為鳥槍法蛋白質組學提供業界領先的數據采集速度、靈敏度和離子選擇性。timsTOF Pro獨特的雙TIMS幾何結構與TIMS設備中離子的時間空間聚焦相結合，意味著PASEF模式提供的速度優勢同時提高了靈敏度和定量能力。所有這些在速度、靈敏度和定量方面的優勢都保持了布魯克高性能QTOF質譜儀的優勢，包括MS和MS/MS快速采集模式下全質量范圍的高分辨率（即使在最高采集速率下的分辨率為50,000 FWHM），ppm精確質量，和高同位素保真度（真同位素模式，或TIPTM）。強大的timsTOF Pro性能與PASEF采集模式為科學家們提供了深入研究復雜細胞機制的有力工具，促進低豐度并具有重要生物學意義的肽段或蛋白質的發現，或在轉化蛋白質組學研究中驗證它們。

關于布魯克公司（納斯達克股票代碼：BRKR）

　　布魯克的產品幫助科學家不斷取得突破性進展，并開發出能夠提高人類生活質量的全新應用。其高性能科學儀器以及極具價值的分析診斷解決方案使科學家能夠在分子、細胞和微觀層面上探索生命和物質。通過與客戶緊密合作，布魯克在生命科學分子研究、應用材料與制藥行業應用、顯微技術、納米分析及工業應用領域中不斷取得創新并顯著提高了生產力，同時幫助客戶取得成功。近年來，布魯克還成為了細胞生物學、臨床前成像、臨床表型組學與蛋白質組學研究、臨床微生物學及分子病理學研究領域的高性能系統供應商。