小兒血尿病因很多，根據血尿來源分為腎小球性和非腎小球性血尿兩大類。
腎小球性血尿
指血尿來源于腎小球。① 原發性腎小球腎炎：是小兒血尿最常見的原因。如各種急性、慢性、遷延腎小球腎炎，急進性腎炎，腎病綜合征，IgA腎病等。除血尿外，尚伴隨有蛋白尿、水腫、高血壓及腎功能不全的表現。② 繼發性腎小球腎炎：常見有乙肝或丙肝病毒相關性腎炎、紫癜性腎炎、狼瘡性腎炎、結節性動脈炎、溶血尿毒綜合征、感染性心內膜炎性腎炎等。除血尿外，常伴有原發病的臨床表現。③ 家族遺傳性腎小球疾病：常見如遺傳性腎炎（Alport綜合征）、薄基底膜腎病。④ 單純性血尿：臨床僅表現為持續性或反復性鏡下血尿，伴或不伴有發作性肉眼血尿，不伴水腫、高血壓、腎功能減退等其他癥狀。⑤ 部分劇烈運動后一過性血尿。
非腎小球性血尿
指血尿來源于腎小管、腎間質或尿路（包括集合系統、輸尿管、膀胱和尿道）及全身性疾病。① 尿路感染：如腎孟腎炎、腎結核、膀脫炎等。病原除細菌感染外，也可由病毒、支原體、真菌、寄生蟲等引起。② 泌尿系結石：腎結石、膀朧結石、尿道結石。③ 特發性高鈣尿癥。④ 藥物及化學物質：抗生素（如氨基甙類、先鋒霉素、青霉素、磺胺藥）、乙酰水楊酸、抗凝藥物（肝素、雙香豆素）、環磷酞胺、保太松、感冒通、苯酚、重金屬（汞、砷、鉛）等。⑤ 血管性病變：胡桃夾現象（左腎靜脈壓迫綜合征）、腎靜脈血栓形成、腎動靜脈瘺。⑥ 尿路畸形：多囊腎、馬蹄腎、海綿腎、膀胱憩室、腎積水等。⑦ 腫瘤：腎母細胞瘤、腎胚胎瘤、白血病。⑧創傷：如外傷、手術、器械損傷、尿道異物等。⑨ 鄰近器官病變：如闌尾炎、盆腔炎等。⑩ 全身性疾病：血小板減少性紫癜、血友病、新生兒自然出血癥等。