尚未完全了解，可能與以下兩因素相關：
1.腸內存在某些細菌及其所產毒素
以C型產氣莢膜梭狀桿菌B毒素可能性較大，因發現本病患者糞便厭氧培養，此菌檢出率及其B毒素血清抗體陽性率均顯著高于正常人群。將此菌菌液注入豚鼠小腸，可使其腸道發生出血性病變而死亡。
2.病兒胰蛋白酶活性降低
上述B毒素可被腸內胰蛋白酶水解而失去致病作用。長期蛋白質營養不良和（或）經常食用甘薯、玉米等含豐富胰蛋白酶抑制物的食物，均可使腸內胰蛋白酶活性顯著降低，使病兒易于發病。
