對角線電泳有一定缺點：
(1)檢測低豐度蛋白的敏感性不夠；
(2)一些分子量過大(>200 kDa)、極酸性或極堿性蛋白在電泳中會丟失；
(3)高疏水性蛋白或不溶性蛋白得不到較好的檢測；
(4)重復性問題。
