FAB 技術特別適合于高極性、低蒸氣壓、低熱穩定性的有機樣品分析，而且樣品用量少，甚至有報導可以回收樣品而不影響原來的生物活性。因此，它的應用極為廣泛，已有的報導涉及多肽、寡糖、多聚核苷酸、卟啉、抗生素、有機金屬絡合物、磺酸型染料等的分析。其中報道最多的是多肽，這是因為它的 FAB 的譜圖中顯示了氨基酸的序列。例如，運動徐緩素 (Bradykinin) 的結構為:
Arg—Pro—Pro—Gly—Phe—Ser—Pro—Phe—Arg
左端為N端，右端為C端，相對分子質量 1159 。在它的 FAB 譜中，斷裂酰胺鍵后形成反映序列特征的離子 (從N端開始) 有m/z 904、m/z 807、m/z 710、m/z 653等；斷裂碳-羰基鍵后形成反映序列特征的離子 (從C端開始) 有m/z 858、m/z 711、m/z 614、m/z 527等。抗生素也屬于 FAB 應用的活性領域。早先使用 FD 技術也有許多很有價值的結果。不過，FAB 分析要比 FD 簡單得多，也無需很高的實驗技巧。例如，分析氨基糖苷的抗生素在 FD 分析時要去除硫酸分子制成游離狀態；而 FAB 無需這一步驟，且硫酸的存在可以進一步提供該抗生素的分析質量信息。里杜霉素是五單元的氨基糖苷， FD 分析尚未獲得成功，而 FAB 分析很易實現。金色制霉素早期研究時推斷的結構中少一個羥基，而在 FAB 譜中得到證明。波來梅素的 A2 組分能與 Fe2+ 絡合并作為氧的載體直接參與 DNA 的氧化降解，有關它的結構設想也是首次由 FAB 方法得到了證實，使用 FAB 技術分析磺酸鹽染料對染料工作者來說最有吸引力。由于磺酸鹽的存在使染料分子有很大的水溶性，但是很難氣化。使用 EI 分析需要將磺酸基團轉化為SO2NH2，然后直接進樣分析，該法限制于有限數目的磺酸基團。利用 FD 技術可以成功地分析含磺酸或磺酸鹽的染料中間體，如一磺酸化合物、極少數萘系二磺酸的中間體。有關含磺酸或磺酸鹽基團的染料的 FD 分析報導很少，而且譜圖極其復雜難以解析。相反，使用 FAB 技術分析此類染料比較成功，且譜圖也易于解析。作者曾研究一系列含磺酸基或磺酸鹽的單-雙偶氦染料和蒽醌、三基甲烷、吲哚啉等染料，獲得如下結果，即強的 M+H、M+Na 峰，碎片離子為 N+H-SO3、M+Na-SO3、M+Na-SO3Na 以及反映結構特征的 N=N 斷裂， C-N 斷裂的碎片峰。磺酸型染料的正、負 FAB 譜圖具有結構信息互補的特點。
總之，盡管 FAB 技術受到兩個方面的限制，即底物對譜圖低質量區域的干擾和大質量范圍測定時所需的強磁場要求，但由于它的高靈敏度，溫和的電離方式，對于高極性、低熱穩定性的大分子分析有很大的吸引力。在電噴霧技術商品化之前，許多生物大分子的分析，尤其是多肽的分析還依賴于 FAB ，即使在目前 FAB 在研究大分子方面還占有一席之地。可以說，在分析生物學的發展史上它具有里程碑的意義。