質譜儀器必須在良好的真空條件下才能正常操作，一般要求質量分析器的真空優于
pa。質譜儀器所檢測的離子必須要有較大的自由程才可以到達檢測器，其他氣體成分也可能與離子發生反應影響檢測，在質譜儀中工作的部件（如離子源燈絲、較密排布的高壓極板）需要在高真空下才能穩定工作。
因此，質譜儀中的部件需要一個真空環境進行工作。但不同類型的質譜儀器對真空的要求不同，既與儀器的類型有關，又與儀器的大小有關；
質譜儀器的不同部分對真空的極限要求也不同，質量分析器是所有部分中對真空要求最高的，離子源對氧的分壓要求比較苛刻，但對總壓的要求則比質量分析器低幾個數量級。所以真空系統的配置要視實際情況而定。