目前該病的病因及發病機制尚不明確。1985年有學者在SNN組織周圍找到營養血管而推測為小的海綿狀血管瘤發生纖維硬化后的結果。部分學者認為肝孤立性壞死結節可能是由創傷引起或由某些良性病變演變而來。變有認為可能為血管病變、感染或免疫反應等造成肝組織凝固性壞死，繼而出現纖維包裹所致。
SNN的病理特點為纖維組織包裹的結節狀凝固壞死灶，病灶中央可見壞死炎細胞，纖維包膜有較多淋巴細胞、漿細胞和單核細胞浸潤，周圍肝小葉結構完整，匯管區內有少量炎細胞浸潤。本病的病因及發病機制尚不清楚，推測為血管病變、感染或免疫反應等因素造成肝組織凝固壞死團塊，繼而出現機體防御反應，纖維包裹凝固壞死團塊并使之局限化。其發生是否與乙肝病毒感染有關尚不清楚，在這方面需要做更多的觀察和研究。