子宮內膜來源至今尚未闡明,目前主要學說及發病因素有：
1. 異位種植學說 1921年Sampson首先提出經期時子宮內膜腺上皮和間質細胞可隨經血逆流，經輸卵管進入盆腔，種植于卵巢和鄰近的盆腔腹膜，并在該處繼續生長、蔓延，形成盆腔內異癥，也稱為經血逆流學說，多數臨床和實驗資料均支持這一學說：①70％-90%婦女有經血逆流，在經血或早卵泡期的腹腔液中，均可見存活的內膜細胞。②先天性陰道閉鎖或宮頸狹窄等經血排出受阻者發病率高。③醫源性內膜種植，如剖宮產后腹壁瘢痕或分娩后會陰切口出現內異癥，可能是術時將子宮內膜帶至切口直接種植所致，患者有多次宮腔手術操作史（人工流產、輸卵管通液等）亦不少見。④動物實驗能將經血中的子宮內膜移植于獼猴腹腔內存活生長，形成典型內異癥。種植學說雖被絕大多數學者接受，但無法解釋在多數育齡女性中存在經血逆流，但僅少數（10％一15％）女性發病。
子宮內膜也可以通過淋巴及靜脈向遠處播散，發生異位種植，是子宮內膜異位種植學說的組成部分。不少學者在光鏡檢查時發現盆腔淋巴管、淋巴結和盆腔靜脈中有子宮內膜組織，提出子宮內膜可通過淋巴和靜脈向遠處播散。臨床上所見遠離盆腔的器官，如肺、四肢皮膚、肌肉等發生內異癥，可能就是內膜通過血行和淋巴播散的結果。該學說無法說明子宮內膜如何通過靜脈和淋巴系統，而盆腔外內異癥的發病率又極低。
2. 體腔上皮化生學說 卵巢表面上皮、盆腔腹膜均是由胚胎期具有高度化生潛能的體腔上皮分化而來，Mayer提出體腔上皮分化來的組織在受到持續卵巢激素或經血及慢性炎癥的反復刺激后，能被激活轉化為子宮內膜樣組織。但目前僅有動物試驗證實，小鼠卵巢表面上皮可經過K-ras激活途徑直接化生為卵巢內異癥病變。
3.誘導學說
未分化的腹膜組織在內源性生物化學因索誘導下，可發展成為子宮內膜組織，種植的內膜可以釋放化學物質誘導未分化的間充質形成子宮內膜異位組織。此學說是體腔上皮化生學說的延伸，在兔動物實驗中已證實，而在人類尚無證據。
4.遺傳因素 內異癥具有—定的家族聚集性，某些患者的發病可能與遺傳有關，患者一級親屬的發病風險是無家族史者的7倍，人群研究發現單卵雙胎姐妹中―方患有內異癥時，另一方發生率可達75％。子宮內膜異位組織中存在非整倍體（11、16，17）、三倍體（1，7）、單倍體（9，17）以及片段丟失（1p，22q，5p，6q，70等）染色體異常。此外．有研究發現內異癥與谷胱甘肽轉移酶、半乳糖轉移酶和雌激素受體的基因多態性有關，提示該病存在遺傳易感性。
5.免疫與炎癥因素 越來越多的證據表明免疫調節異常在內異癥的發生、發展各環節起重要作用，表現為免疫監視功能、免疫殺傷細胞的細胞毒作用減弱而不能有效清除異位內膜。研究還發現內異癥與系統性紅斑狼瘡、黑色素瘤及某些HLA抗原有關，患者的IgG及抗子宮內膜抗體明顯增加，表明其具有自身免疫性疾病的特征。還有證據表明，內異癥與亞臨床腹膜炎有關，表現為腹腔液中巨噬細胞、炎性細胞因子、生長因子、促血管生成物質增加，從而促進異位內膜存活、增殖并導致局部纖維增生、粘連。
6.其他因素 國內學者提出“在位內膜決定論＂，認為在位子宮內膜的生物學特性是內異癥發生的決定因素，局部微環境是影響因素。內異癥患者在位子宮內膜的特性如粘附性、侵襲性、刺激形成血管的能力均強于非內異癥患者的在位子宮內膜。環境因素也與內異癥之間存在潛在聯系，二噁英在內異癥發病中有一定作用。血管生成因素也可能參與內異癥的發生，患者腹腔液中VEGF等血管生長因子增多，使盆腔微血管生長增加，導致異位內膜易于種植生長。異位內膜除自分泌雌激素外，還可削弱對局部雌激素的滅活作用促進自身增殖。此外，異位內膜細胞凋亡減少也可能與疾病進程有關。