肝炎及肝外膽管閉鎖(EHBA)處理原則相差懸殊，前者以內科護肝為主，而后者須爭取在3個月內行手術治療，必須盡早鑒別病因。但鑒別較難，可根據下列檢測進行。
1、黃疸出現時間
生理性黃疸過后：
可能為閉鎖：黃疸持續加深。
可能為肝炎：消退后又復發黃疸。
2、大便色澤
可能為閉鎖或胎內肝炎：生后即發白，或生后初期有過黃色大便慮。
可能為肝炎：明確有過黃色大便者。
3、出生體重
胎內肝炎者：出生體重偏低或偏高，生后食欲較差。
膽管閉鎖患兒：胎內生長正常，生后初期食欲較好。
4、膽紅素變化
可能為閉鎖：病程早期直接膽紅素增高，動態觀察亦持續增高，遷延一段時期后出現雙相。
可能為肝炎：病程早期雙相或患兒日齡尚小，總膽紅素很高，動態觀察波動較大。
5、131I玫瑰紅排泄試驗
靜脈注射131I標記的玫瑰紅，大部分經膽管入腸，小部分經腎排出。
可能為膽管阻塞：連續3天大便內131I量<5%。此值越低，閉鎖可能性越大；
可能肝炎：131I量>5%則多考慮。
缺點：二者存在著交叉現象。女嬰難以保證大便中沒混入小便。
6、給苯巴比妥或考來烯胺后血清膽酸動態觀察
苯巴比妥可令一些肝內膽汁淤積病嬰兒的血清膽鹽和膽紅素濃度降低。
原發性肝細胞病變患兒用考來烯胺，血清膽酸鹽與鵝膽酸比例增加。
而膽管閉鎖患兒均無上述效應。
7、99mTc(锝)核素檢查
用99mTc標記各種亞氨基乙酸(IDA)衍生物肝膽閃爍顯像檢測肝外膽管閉鎖。
新生兒最適用的為99mTc標記的對位異丙基IDA和鄰位異丙基IDA。
特點：
敏感性比131I玫瑰紅排泄試驗高。
99mTc-IDA顯像劑可迅速通過肝臟、膽汁中濃度高，在高膽紅素水平膽管系統中仍可顯像。可同時取得膽管功能狀態的動力學和形態學兩方面的資料等。
8、十二指腸液的觀察
方法：給高結合膽紅素患兒插一不透光的導管(No 8 France)，在透視下插到十二指腸第2、3段。在第1個24h內不進食，給2ml白開水，用30～60min時間滴入導管中，以保證導管能從十二指腸持續引流，每2h集中1管，肉眼觀察6管(即12h)，如無膽紅素，給予葡萄糖電解質液60ml，每2小時1次，共給6次，繼續收集十二指腸液作觀察。
注意：檢查當天給予靜脈補液.
發現十二指腸無膽汁，轉外科做手術膽管造影、肝活檢、肝門-腸吻合術。有膽汁者，排除代謝缺陷疾病后經皮做肝穿刺。
典型的肝炎患兒：十二指腸液初為白色黏液，分泌4～8h后變黃，約2h，接著再變成無色素液約數小時，以后又有膽色素排出。
9、谷丙氨基轉移酶(glutamic-pyruvic transaminase，GPT，現經WHO命名為“丙氨酸氨基轉移酶”，alanine aminotransferase，ALT)升高可能為肝炎：病程早期即較高者。
10、低密度脂蛋白-X(lipoprotein X，LP-X)
膽管閉鎖患嬰：日齡很小，LP-X即已呈陽性，肝炎患兒：隨日齡增長，陽性率增加。
11、膽管造影
采取剖腹膽囊造影術：在剖腹探查時，先尋找膽囊，再從膽囊注入造影劑攝片，觀察肝外膽管情況。
12、肝活檢
13、激素治療試驗
用潑尼松觀察3～6周
肝炎患兒多在3周出現大便轉黃，黃疸消退，少數需用藥6周有效。如6周無效，可考慮剖腹探查。
但超過3個月時出現肝硬化而不能手術，使用時注意。
14、剖腹探查
出生后2個月仍不能排除先天性膽管閉鎖的個別病例，則有必要考慮剖腹進行膽管造影檢查。