肛管損傷容易診斷，直腸損傷則診斷較難，早期診斷和及時處理十分重要。根據病史和刺入異物的大小、形狀、方向、出血、污染等情況，以及受傷體位和姿勢，再結合局部體征和指檢等檢查，可以進行診斷。
視診檢查可見肛門處有原手術或外傷疤痕畸形，有糞便沾染現象。肛指檢查見肛管松弛或括約肌收縮功能差等，臨床診斷可以確立。原發病因在神經系統和結腸者，要通過神經系檢查鋇劑灌腸和內窺鏡檢查等來確立。近年來對肛腸功能檢查有一些新的進展，包括肌電描記可見到肌肉張力異常，肛門反射潛伏期加長，肛門皮膚反射和直腸膨脹正常反射消失等。肛直腸腔內氣囊測壓描記可見到壓力圖異常。排糞X線造影可見到肛管直腸角消失等，這些檢查有助于區分病變、病因和制定合適的治療方法。