羅馬Ⅲ型診斷標準中FD分為2個亞型，即餐后不適綜合征和上腹疼痛綜合征。依據羅馬III診斷標準，功能性消化不良必須符合以下一點或一點以上：餐后飽脹不適；早飽；上腹痛；上腹灼燒感。
FD為一排除性診斷疾病，在臨床實際工作中，既要求不漏診器質性疾病，又不應無選擇性地對每例患者進行全面的實驗室及特殊檢查。
1.全面病史采集和體格檢查的基礎上，應先判斷患者有無下列器質性疾病的“報警癥狀和體征”：45歲以上，近期出現消化不良癥狀，有消瘦、貧血、嘔血、黑糞、吞咽困難、腹部腫塊、黃疸等，消化不良癥狀進行性加重。
2.對有“報警癥狀和體征”者，必須進行徹底檢查直至找到病因。
3.對年齡在45歲以下且無“報警癥狀和體征”者，可選擇基本的檢查如血常規、尿常規、糞隱血試驗、血沉、肝功能試驗、胃鏡、腹部B超（肝、膽、胰），或先予經驗性治療2～4周觀察療效，對診斷可疑或治療無效者有針對性地選擇進一步檢查。