使用全自動生化分析儀時，儀器的交叉污染現象是引起實驗結果偏離的一個原因。由于全自動生化分析儀試劑針需要接觸各種試劑，一般難以徹底清洗干凈，所以容易造成分析項目的攜帶污染，而生化項目的測定往往僅需要幾微升樣本，試劑往往需要幾百微升，尤其在沒有自動沖洗程序的流動池式生化分析儀上，由于前帶現象的存在，如果前一個樣本為高值樣本，則接后的*個低值標本結果應慎重報告。不僅沒有沖洗程序的生化分析儀器上有這種現象，就是具有自動沖洗程序的全自動生化分析儀也有交叉污染，由于試劑吸針、樣品吸針及反應攪拌棒是利用高壓沖洗液沖洗，然后用高壓壓縮空氣吹于，有時由于洗液壓力和壓縮空氣的壓力偏低，使試劑吸針、樣品吸針及反應混勻棒沖不干凈、吹不干，從而導致反應池之問相互污染、試劑問交又污染，使檢驗結果偏離。
另一個值得注意的問題是許多生化儀器由于長期頻繁的利用，使加樣針和試劑針的注射器磨損加重或注射器的吸頭不及時更換，使吸樣針或試劑針密封層增大，產生泄漏現象也是造成樣本間及試劑間相互污染的一個重要原因。試劑吸樣或樣品吸樣不準確，通常導致利用速率法測試的標本系統偏低或偏高。
眾所周知，速率法計算因子是由加樣體積和試劑體積參與確定的，如果加樣體積或加試劑體積不準，導致真正速率計算因子和理論計算因子偏離，從而使檢測結果不準確。解決辦是：定期進行生化分析儀的維護保養；按要求及時更換零部件；定期對儀器進行校準；全自動生化分析標本和試劑用量少，殘存少量即會影響測試結果，每天應用無水乙醇擦洗并定期更換干燥棒，保證比色杯清洗后不留殘液，避免比色杯的交叉污染。