移液器的消毒和滅菌，兩者是有必定區別的：消毒只是要求使移液器上的活菌控制在必定范圍內，到達無害化水平即可；而滅菌則更嚴格些，要求消除一切活菌。因此，滅菌的處理要求要高于消毒。
一、移液器消毒
1、化學消毒。用酒精等擦拭移液器的外表，然后吹干即可。
2、紫外線消毒。用紫外線照射移液器的外表，通過損壞細胞的DNA 結構來到達消毒的的效果。紫外線消毒的時間取決于輻射強度和細菌對紫外線的抵抗力強弱。大多數品牌的移液器是可以用紫外線消毒的，但仍需求事先與供應商進行確認，并非一切的移液器都能進行紫外線消毒。
二、移液器滅菌
1、如果是不可以整支消毒的移液器，先用滅菌袋、錫紙等材料包裝需要滅菌的部件，121℃，1bar 大氣壓，20 分鐘；滅菌結束后，在室溫下徹底曬干后，給活塞上油，再進行組裝。
2、如果是可整支消毒的移液器，則可以將整支移液器放放置于 121℃, 1bar 人氣壓下，進行20分鐘的整支高溫高壓消毒。
3、如果有些移液器不能進行高溫高壓消毒， 但又需要用于某些特別的操作， 比如RNA提取等，如果擔心移液器被污染影響實驗結果， 那么就用75%的乙醇清洗移液器的頭部。如果是用于提取RNA要用無RNase污染的75%乙醇。注意： 半支消毒的移液器不可以進行整支消毒， 不然會出現讀數的數字部位變色等顯著現象。