測序方案建立在雙脫氧測序法(Sanger等，1977)的基礎上。為了從每一克隆插入片段兩端成對地進行測序，每一個質粒模板DNA板應配備兩個384孔循環測序反應板。
測序反應采用Big Dye Terminator chemistry version 3．1(AppliedBiosystems)和標準M13或常用正向引物和反向引物。測序反應通過BiomekFX(Beckman)移液操作工作站建立。
機械臂負責等分模板試樣，起與反應液混合的作用，反應液含有雙脫氧核苷酸、熒光標記的核苷酸、TaqDNA聚合酶、序列引物和緩沖液。
模板和反應板有條形碼，且在BiomekFX移液操作工作站上有條形碼讀取器跟蹤，確保模板和反應液轉移中沒有錯誤。30～40線性擴增步驟連續循環在MJResearchTetrads或9700熱循環儀(Ap—pliedBiosystems)中進行。