土壤中含有大量的微生物，以細菌為主，放線菌次之，另外還有真菌、螺旋體等。土壤中微生物絕大多數對人是有益的，它們參與大自然的物質循環，分解動物的尸體和排泄物；固定大氣中的氮，供給植物利用；土壤中可分離出許多能產生抗生素的微生物。進入土壤中的病原微生物容易死亡，但是一些能形成芽胞的細菌如破傷風桿菌、氣性壞疽病原菌、肉毒桿菌、炭疽桿菌等可在土壤中存活多年。因此土壤與創傷及戰傷的厭氧性感染有很大關系。
